研究人員推出了“sci-Space”，這是一種研究空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的新方法，它保持的單細胞分辨率和空間異質(zhì)性規(guī)模比以前所用的方法要高得多。他們用他們的方法構(gòu)建了小鼠胚胎發(fā)育 14 天時的全切片單細胞圖譜。單細胞 RNA 測序法在理解生物體和復(fù)雜組織如何發(fā)育方面取得了巨大進步。

盡管細胞的空間構(gòu)建是正常發(fā)育、體內(nèi)平衡和病理生理學(xué)的核心，但許多單細胞 RNA 測序方法卻會失去有價值的空間信息的環(huán)境背景。那些能保留細胞間空間背景的信息可能局限于一組特定的基因和/或小面積的組織。為戰(zhàn)勝這些挑戰(zhàn)，Sanjay Sirvatsan 和同事開發(fā)了 sci-Space，這是一種空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法，它在保留單細胞分辨率的同時還能在更大的尺度上解析細胞的空間環(huán)境背景。

Sirvatsan 等人的方法使用的是一種條形碼寡核苷酸（即合成的 DNA 單股短鏈）網(wǎng)格，這些寡核苷酸可以從某載玻片轉(zhuǎn)移到覆蓋的冷凍組織切片的細胞核內(nèi)。據(jù)作者披露，可用sci-Space 從每張載玻片獲得數(shù)千個細胞的空間起源和轉(zhuǎn)錄組。為了展示他們的新技術(shù)，Srivatsan 等人將 sci-Space 應(yīng)用于正在發(fā)育的小鼠胚胎。通過捕獲近 12 萬個細胞的空間坐標(biāo)和全部轉(zhuǎn)錄組，作者組裝了發(fā)育第14天的小鼠胚胎全部切片的單細胞圖譜，揭示了各種類型細胞（包括正在分化的神經(jīng)元）的基因空間表達。

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