2022年11月2-4日·北京·轉錄組學專題實戰(zhàn)班

3年前發(fā)布在 培訓班

近年來，隨著高通量測序技術的迅猛發(fā)展，轉錄組研究從以前的微陣列技術，SAGE及MPSS技術的低通量模式切換至RNA-seq的高通量模式。轉錄組學作為一個伴隨高通量測序技術率先發(fā)展起來的技術開始在生物學前沿研究中得到了廣泛的應用。RNA-seq對于真核生物的基因表達調控，癌癥等疾病的發(fā)生機制和新治療方案確定，遺傳育種等眾多方面的研究具有不可估量的潛力。為了輔助廣大科研工作者掌握轉錄組高通量測序技術原理、實驗設計以及后期數(shù)據(jù)分析技能。歡迎報名參加。

主辦單位：北京市計算中心有限公司

協(xié)辦單位：

北京市基因測序與功能分析工程技術研究中心

云計算關鍵技術與應用北京市重點實驗室

工業(yè)和信息化人才培養(yǎng)工程培訓基地

北京市大數(shù)據(jù)教學實踐基地

支持單位：肽度TIMEDOO

舉辦地：北京市海淀區(qū)豐賢中路7號北科產業(yè)3號樓

課程安排：2022年11月2-4日（周三-周五）??上9:30-11:30 ?下13:30-17:00

日期	主題	內容	備注
第一天	轉錄組學前沿概述及測序原理	1.轉錄組技術發(fā)展前沿動態(tài) 2.轉錄組應用案例及應用熱點 3.常用的轉錄組實驗設計及測序建庫技術 4.單細胞轉錄組測序技術 5.轉錄組技術流程及技術細節(jié)	理論
第一天	Linux服務器使用入門	1.掌握Linux系統(tǒng)下的常用命令（重點講解） 2.掌握Linux環(huán)境下軟件的安裝使用 3.了解Shell腳本的編寫	上機操作
第二天	轉錄組分析方法	1.差異表達基因的功能分析（重點講解）	理論
	De novo轉錄組數(shù)據(jù)分析上機實踐	1.原始測序數(shù)據(jù)的檢測和預處理（重點講解） 2.使用Trinity拼接轉錄組數(shù)據(jù)（重點講解） 3.原始數(shù)據(jù)與拼接轉錄本的比對（重點講解） 4.表達量統(tǒng)計和差異表達分析（重點講解） 5.使用blast對轉錄本進行功能注釋（重點講解） 6.尋找轉錄本的ORF，翻譯蛋白質序列 7.轉錄因子注釋	上機操作
	Reference based轉錄組數(shù)據(jù)分析上機實踐（一）	1.轉錄組數(shù)據(jù)準備和軟件介紹 2.使用HISAT進行轉錄組數(shù)據(jù)的比對（重點講解） 3.用IGV查看比對結果 4.使用cufflinks進行表達量估計和分析（重點講解） 5.使用samtools檢測轉錄組數(shù)據(jù)中的突變（重點講解）	上機操作
第三天	Reference based轉錄組數(shù)據(jù)分析	1.lncRNA的定義、應用和發(fā)展 2.lncRNA的生物學過程 3.lncRNA研究的實驗設計及測序原理 4.lncRNA測序分析結果解讀	理論
	Reference based轉錄組數(shù)據(jù)分析上機實踐（二）	1.利用tophat和cufflinks組合，預測轉錄本 2.使用CNCI預測新的lncRNA轉錄本（重點講解） 3.使用LncTar軟件預測lncRNA調控的靶基因（重點講解）	理論+ 上機操作
	microRNA測序與數(shù)據(jù)分析	1.microRNA的定義、應用和發(fā)展 2.microRNA的生物學過程 3.microRNA研究的實驗設計及測序原理	理論
	microRNA測序與數(shù)據(jù)分析（包含上機實踐）	1.microRNA測序數(shù)據(jù)分析軟件（重點講解） 2.microRNA測序數(shù)據(jù)預處理（重點講解） 3.microRNA的預測（重點講解） 4.microRNA靶標基因預測，結果提取、統(tǒng)計（重點講解）	理論+ 上機操作