2023年10月25-27日·北京·生物大數(shù)據(jù)時(shí)代的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究模式學(xué)習(xí)班(可線上學(xué)習(xí))


在大數(shù)據(jù)背景下,隨著網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的影響力和應(yīng)用日益廣泛,網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)在理論分析、算法發(fā)展和實(shí)際應(yīng)用等方面,面臨著重要的發(fā)展機(jī)遇和挑戰(zhàn)。整合臨床、實(shí)驗(yàn)的海量數(shù)據(jù),結(jié)合科學(xué)驗(yàn)證,揭示藥物對(duì)疾病的調(diào)控機(jī)制,是網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究的主要任務(wù)。

中醫(yī)藥是中華民族的寶貴財(cái)富,在疾病防治方面具有獨(dú)特的優(yōu)勢(shì)。中醫(yī)整體觀與以網(wǎng)絡(luò)和系統(tǒng)為特征的新一代醫(yī)學(xué)研究范式相吻合。中醫(yī)提出了一種全新的“網(wǎng)絡(luò)靶標(biāo)”方法,即網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的核心理論和方法。中醫(yī)也是網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的一個(gè)重要研究對(duì)象。中醫(yī)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué),旨在了解復(fù)雜疾病、中醫(yī)證候和中藥治療的網(wǎng)絡(luò)生物學(xué)基礎(chǔ),在網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的起源和發(fā)展過程中起著至關(guān)重要的作用。

為更好地了解網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的新進(jìn)展,包括預(yù)測(cè)中藥靶標(biāo),了解疾病和證候的生物學(xué)基礎(chǔ),中藥方劑的網(wǎng)絡(luò)調(diào)控機(jī)制,以及基于生物網(wǎng)絡(luò)的疾病和證候標(biāo)志物的識(shí)別。這些研究呈現(xiàn)出計(jì)算、實(shí)驗(yàn)和臨床相結(jié)合的趨勢(shì),是未來中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究的一個(gè)很有前途的方向。我中心智能計(jì)算事業(yè)部特舉辦“生物大數(shù)據(jù)時(shí)代的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究模式研討班”。培訓(xùn)班由我中心的一線分析工程師授課,通過技術(shù)講座結(jié)合實(shí)驗(yàn)操作,展示應(yīng)用實(shí)例,現(xiàn)場(chǎng)解答技術(shù)疑問,幫助學(xué)員拓展研究思路,提升科研水平和競爭力。
北京市基因測(cè)序與功能分析工程技術(shù)研究中心
云計(jì)算關(guān)鍵技術(shù)與應(yīng)用北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
工業(yè)和信息化人才培養(yǎng)工程培訓(xùn)基地
北京市大數(shù)據(jù)教學(xué)實(shí)踐基地
日期 | 主題 | 內(nèi)容 | 備注 |
第一天 | 主題1:網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究思路 | 1、網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的發(fā)展歷程和研究現(xiàn)狀簡介
2、網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)SCI論文研讀分析 3、網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的研究思路及技術(shù)路線 |
理論 |
主題2:中藥有效成分查找和獲取 | 4、中藥有效成分及靶點(diǎn)查找和獲取
1)常用中藥數(shù)據(jù)及使用:TCMSP 2)中藥高通量實(shí)驗(yàn)和參考數(shù)據(jù)庫:Herb 3)中醫(yī)藥證候關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)庫:SymMap 4)中醫(yī)藥百科全書數(shù)據(jù)庫:ETCM 5、中藥有效成分靶點(diǎn)預(yù)測(cè)的查詢及獲取 1)化合物與蛋白質(zhì)互作:STITCH 2)中藥有效成分靶點(diǎn)的預(yù)測(cè):SwissTargetPrediction 3)基于有效成分結(jié)構(gòu)特征靶點(diǎn)預(yù)測(cè):PharmMapper 4)中藥有效成分靶點(diǎn)的獲?。悍聪蛱摂M篩選方法 6、中藥分子機(jī)制研究的在線生物信息學(xué)分析工具:BATMAN-TCM |
理論+
實(shí)戰(zhàn) |
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第二天 | 主題3:疾病相關(guān)基因的獲取 | 7、中藥所治療疾病的相關(guān)基因查找和獲取
1)人類疾病與基因遺傳變異數(shù)據(jù)庫:OMIM 2)疾病相關(guān)的基因與突變位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫:DisGeNet 3)人類基因數(shù)據(jù)庫:Genecards 4)治療靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫:TTD |
理論+
實(shí)戰(zhàn) |
主題4:網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)數(shù)據(jù)整理及分析 | 8、韋恩圖的繪制
9、蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)查詢和可視化分析:STRING 10、富集分析數(shù)據(jù)庫:DAVID 11、Metascape功能富集分析和信號(hào)通路富集分析 12、富集GO term BP,CC,MF三合一柱狀圖繪制 13、通路氣泡圖的繪制 |
理論+
實(shí)戰(zhàn) |
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第三天 | 主題5:網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)數(shù)據(jù)可視化 |
14、網(wǎng)絡(luò)分析軟件:Cytoscape
1)分析數(shù)據(jù)導(dǎo)入與導(dǎo)出 2)基本拓?fù)涮卣饔?jì)算 3)重要節(jié)點(diǎn)識(shí)別 4)網(wǎng)絡(luò)拓?fù)渲笜?biāo)含義 5)子網(wǎng)絡(luò)提取 6)網(wǎng)絡(luò)可視化 7)圖形導(dǎo)出 8)Cytoscape插件的安裝和使用 15、蛋白結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫及結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的篩選和獲取:PDB、Uniport 16、小分子化合物結(jié)構(gòu)信息查詢:Pubchem、Drugbank 17、分子對(duì)接 1)對(duì)接軟件的介紹及安裝 2)小分子和蛋白結(jié)構(gòu)文件的預(yù)處理 3)蛋白活性位點(diǎn)的確定 4)分子對(duì)接流程的介紹及實(shí)戰(zhàn) 5)分子對(duì)接結(jié)果相互作用分析及可視化 |
理論+
實(shí)戰(zhàn) |
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