計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)與分子動(dòng)力學(xué)模擬應(yīng)用實(shí)踐班

2.?計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)經(jīng)典論文講解

3.?生物分子相互作用研究方法概述

4.?計(jì)算生物學(xué)概述

5.?分子動(dòng)力學(xué)簡介

5.1?分子力場的介紹

5.2?分子力場的原理

5.3?分子力場的分類及應(yīng)用

6.?挑選最新論文，進(jìn)行論文思路闡述

分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫操作使用

12.?Uniprot數(shù)據(jù)庫介紹

13. PDB：蛋白結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫介紹

13.1 PDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的介紹

13.2 PDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)可獲取的資源

13.3?蛋白的結(jié)構(gòu)類型、數(shù)據(jù)解讀及下載

14. Pubchem：化學(xué)小分子結(jié)構(gòu)獲取

14.1 Pubchem數(shù)據(jù)庫簡介

14.2 Pubchem數(shù)據(jù)庫小分子結(jié)構(gòu)查詢

14.3 Pubchem數(shù)據(jù)庫批量下載方法介紹

15. Drugbank數(shù)據(jù)庫介紹

16. ZINC：虛擬篩選小分子數(shù)據(jù)庫介紹與應(yīng)用

16.1 ZINC數(shù)據(jù)庫介紹

16.2 ZINC數(shù)據(jù)庫小分子批量下載方法介紹

17.?候選化合物ADMET性質(zhì)預(yù)測

第二天
分子結(jié)構(gòu)可視化軟件操作

18. PyMOL分子結(jié)構(gòu)可視化軟件介紹

19. Chemoffice軟件安裝與介紹

蛋白質(zhì)和小分子對(duì)接實(shí)戰(zhàn)

20. Autodock軟件原理及功能介紹

20.1?小分子配體結(jié)構(gòu)處理

20.2?蛋白受體結(jié)構(gòu)優(yōu)化和處理

20.2.1?蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件可視化

20.2.2?蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件詳解

20.2.3?蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件原子坐標(biāo)解讀

20.3?蛋白受體格點(diǎn)計(jì)算

21. Autodock vina軟件原理及功能介紹

22.?分子對(duì)接和對(duì)接結(jié)果分析

22.1?半柔性對(duì)接計(jì)算

22.2?對(duì)接結(jié)果分析

22.3?最優(yōu)對(duì)接構(gòu)象的選擇

23. DS軟件分析對(duì)接結(jié)果分析

24. 實(shí)例講解與練習(xí)：HIV-對(duì)接

虛擬篩選演示與操作

25. Linux基礎(chǔ)

25.1 Linux服務(wù)器連接

25.2?數(shù)據(jù)傳輸

25.3 Linux常用命令

26.?基于高性能計(jì)算集群的藥物虛擬篩選

27.?高性能計(jì)算虛擬篩選操作演示

28.?虛擬篩選結(jié)果分析

第三天

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測原理及軟件實(shí)戰(zhàn)

29.?核酸二級(jí)結(jié)構(gòu)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測

30. AlohaFold Protein Structure Database介紹

31.?同源建模原理介紹

32. Swiss-model：在線同源建模

32.1?同源蛋白的搜索

32.2?蛋白序列比對(duì)

32.3?蛋白模板選擇

32.4?蛋白模型構(gòu)建

32.5?蛋白模型評(píng)價(jià)

32.6?蛋白模型優(yōu)化

33. I-TASSER：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測

34. Rosetta：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測

生物大分子對(duì)接實(shí)戰(zhàn)

35.?大分子對(duì)接原理及應(yīng)用介紹

36.?z-dock軟件介紹與使用

37.?Rosetta軟件介紹與使用

38.?其他生物大分子對(duì)接在線工具的介紹與使用

39.?蛋白-蛋白對(duì)接結(jié)果分析與解讀

分子結(jié)構(gòu)可視化軟件SCI繪圖實(shí)戰(zhàn)

40.?PyMOL軟件高質(zhì)量論文繪圖實(shí)操

40.1?蛋白-多肽相互作用分析圖解

40.2?蛋白-小分子相互作用分析圖解

40.3?蛋白-蛋白相互作用分析圖解

41. PyMOL動(dòng)畫制作

第四天

蛋白氨基酸突變對(duì)蛋白的影響

42.?蛋白保守性氨基酸序列分析及可視化

43.?氨基酸突變對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的影響分析

分子動(dòng)力學(xué)模擬原理及軟件實(shí)戰(zhàn)

44.?模擬體系的構(gòu)建方法介紹

45. Amber：結(jié)合實(shí)例講解分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件操作演練

46. Gromacs：結(jié)合實(shí)例講解分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件操作演練

47.?分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算與結(jié)果分析

47.1?結(jié)合自由能的計(jì)算分析

47.2 軌跡文件常見分析：RMSD、RMSF、回旋半徑等

生物分子結(jié)構(gòu)可視化軟件介紹與使用

48. VMD：結(jié)構(gòu)可視化軟件操作演練

49.?VMD查看分子動(dòng)力學(xué)模擬結(jié)果

50.?VMD作圖實(shí)例講解與練習(xí)

?

預(yù)習(xí)資料包

1、動(dòng)力學(xué)模擬文件夾

生物大數(shù)據(jù)時(shí)代的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究模式學(xué)習(xí)班

2.網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)SCI論文研讀分析

3.網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的研究思路及技術(shù)路線

4.生物網(wǎng)絡(luò)的介紹

5.網(wǎng)絡(luò)分析介紹

中藥有效成分查找和獲取

6.中藥有效成分及靶點(diǎn)查找和獲取

1）常用中藥數(shù)據(jù)及使用：TCMSP

2）中藥高通量實(shí)驗(yàn)和參考數(shù)據(jù)庫：Herb

3）中醫(yī)藥證候關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)庫：SymMap

4）CTD數(shù)據(jù)庫

5）基于文獻(xiàn)的草藥成分和靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫：HIT 2.0

6）中醫(yī)藥百科全書數(shù)據(jù)庫：ETCM

7)中藥分子機(jī)制研究的在線生物信息學(xué)分析工具：BATMAN-TCM

7.中藥有效成分靶點(diǎn)預(yù)測的查詢及獲取

1）化合物與蛋白質(zhì)互作：STITCH

2)中藥有效成分靶點(diǎn)的預(yù)測：SwissTargetPrediction

3）基于有效成分結(jié)構(gòu)特征靶點(diǎn)預(yù)測：PharmMapper

4）中藥有效成分靶點(diǎn)的獲?。悍聪蛱摂M篩選方法

5）SuperPred

6）SEA數(shù)據(jù)庫

7）bSDTNBI數(shù)據(jù)庫

第二天
疾病相關(guān)基因的獲取操作

8.中藥所治療疾病的相關(guān)基因查找和獲取

1）人類疾病與基因遺傳變異數(shù)據(jù)庫：OMIM

2）疾病相關(guān)的基因與突變位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫：DisGeNet

3）人類基因數(shù)據(jù)庫：Genecards

4）治療靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫：TTD

5）CTD數(shù)據(jù)庫

R語言和差異基因及功能富集分析操作

9.R語言介紹

10.GO富集分析

11.KEGG富集分析

網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)數(shù)據(jù)整理及分析操作

12.韋恩圖的繪制

13.蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)查詢和可視化分析：STRING

14.富集分析數(shù)據(jù)庫：DAVID

15.Metascape功能富集分析和信號(hào)通路富集分析

16.富集GO term BP，CC，MF三合一柱狀圖繪制

17.通路氣泡圖的繪制

18.相互作用可視化PyMOL

第三天

網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)數(shù)據(jù)可視化操作

19.網(wǎng)絡(luò)分析軟件：Cytoscape

1）分析數(shù)據(jù)導(dǎo)入與導(dǎo)出

2）基本拓?fù)涮卣饔?jì)算

3）重要節(jié)點(diǎn)識(shí)別

4）網(wǎng)絡(luò)拓?fù)渲笜?biāo)含義

5）子網(wǎng)絡(luò)提取

6）網(wǎng)絡(luò)可視化

7）圖形導(dǎo)出

8）Cytoscape插件的安裝和使用

20. 蛋白結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫及結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的篩選和獲?。篜DB、Uniprot

21. 小分子化合物結(jié)構(gòu)信息查詢：Pubchem、Drugbank

22.分子對(duì)接

1）對(duì)接軟件的介紹及安裝

2）小分子和蛋白結(jié)構(gòu)文件的預(yù)處理

3）蛋白活性位點(diǎn)的確定

4）分子對(duì)接流程的介紹及實(shí)戰(zhàn)

5）分子對(duì)接結(jié)果相互作用分析及可視化

AIDD人工智能藥物設(shè)計(jì)與發(fā)現(xiàn)培訓(xùn)

2.機(jī)器學(xué)習(xí)與深度學(xué)習(xí)在藥物發(fā)現(xiàn)中的背景介紹，包括基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)，基于配體的藥物設(shè)計(jì)等

基礎(chǔ)環(huán)境搭建及常用工具操作

1.Python環(huán)境配置，scikit-learn，pandas及numpy軟件安裝

2.Jupyter Notebook入門及使用

3.以真實(shí)數(shù)據(jù)為例講解數(shù)據(jù)清洗及異常值處理策略

4.RDKit介紹及小分子結(jié)構(gòu)分析

第二天

基于分子指紋的化合物活性預(yù)測及分子聚類分析

1.ChEMBL數(shù)據(jù)庫介紹及使用

2.化合物活性預(yù)測及測量方法介紹，IC50及pIC50值使用

3.化合物編碼方式及化學(xué)相似性，分子指紋，分子聚類算法介紹

4.實(shí)際案例：基于分子指紋預(yù)測小分子活性

5.實(shí)際案例：基于Butina算法進(jìn)行分子聚類

第三天

圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)與藥物發(fā)現(xiàn)

1.Pytorch深度學(xué)習(xí)框架介紹

2.圖卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)（GCN）介紹

3.以實(shí)際數(shù)據(jù)集為例講解基于圖卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的預(yù)測模型

4.圖注意力神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)（GAN）介紹

5.以實(shí)際數(shù)據(jù)集為例講解基于注意力網(wǎng)絡(luò)的預(yù)測模型