1月22日,國家基因組科學(xué)數(shù)據(jù)中心正式發(fā)布2019新型冠狀病毒資源庫。該庫整合了世界衛(wèi)生組織(WHO)、中國疾病預(yù)防控制中心(CDC)、美國國家生物技術(shù)信息中心(NCBI)、全球流感序列數(shù)據(jù)庫(GISAID)等機構(gòu)公開發(fā)布的冠狀病毒基因組序列數(shù)據(jù)、元信息、學(xué)術(shù)文獻、新聞動態(tài)、科普文章。同時,對不同冠狀病毒株的基因組序列做了變異分析與展示。

2019新型冠狀病毒資源庫收錄了來源于NCBI的GenBank數(shù)據(jù)庫和GISAID數(shù)據(jù)庫發(fā)布的2019新型冠狀病毒(2019-nCoV)病毒株的株名、采樣日期、采樣地點、樣本提供單位、數(shù)據(jù)遞交單位等元信息。通過該資源庫還可訪問到國家基因組科學(xué)數(shù)據(jù)中心基因組數(shù)據(jù)庫GWH從公共數(shù)據(jù)庫收錄的冠狀病毒科基因組和蛋白序列,用戶可基于Accession號、種名、屬名、采樣日期、采樣地點、宿主、分離源、發(fā)布日期等元信息篩選感興趣的冠狀病毒株,個性化選取序列進行下載以開展相關(guān)的科學(xué)研究。

2019新型冠狀病毒資源庫將持續(xù)更新元信息與基因組序列數(shù)據(jù),實時監(jiān)控NCBI的PubMed數(shù)據(jù)庫中發(fā)表的2019新型冠狀病毒和其他冠狀病毒的學(xué)術(shù)文獻、中新網(wǎng)與新華網(wǎng)發(fā)布的新聞,同步更新世界衛(wèi)生組織與中國疾病預(yù)防控制中心發(fā)布的科普介紹,為用戶開展學(xué)術(shù)研究、掌握科研進展、了解新聞動態(tài)與科學(xué)知識提供資源與窗口。

2019新型冠狀病毒資源庫基于不同參考基因組序列開展2019-nCoV病毒株基因組變異分析,并對結(jié)果進行了統(tǒng)計與可視化展示。通過對全基因組序列相似性比較和變異位點分析,獲取2019-nCoV病毒株之間、2019-nCoV病毒株與SARS冠狀病毒以及與類SARS冠狀病毒蝙蝠株之間的變異程度、變異區(qū)域、變異堿基的詳細信息。經(jīng)數(shù)據(jù)分析,2019-nCoV與2003年爆發(fā)的SARS病毒基因組序列相似度為80%,與2017年2月從國內(nèi)的蝙蝠中采集到的Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZC45基因組序列相似性最高,相似度為88%。對2019-nCoV病毒株的基因組變異分析為追溯病毒來源、追蹤病毒株變異路徑、防控新型冠狀病毒引發(fā)的疫情、治療病毒性肺炎提供重要的數(shù)據(jù)基礎(chǔ)與決策支持。

2019新型冠狀病毒資源庫發(fā)布-肽度TIMEDOO

2019新型冠狀病毒基因組序列發(fā)布動態(tài)

2019新型冠狀病毒資源庫發(fā)布-肽度TIMEDOO

GWH數(shù)據(jù)庫收錄的冠狀病毒科基因組序列信息

2019新型冠狀病毒資源庫發(fā)布-肽度TIMEDOO

  2019新型冠狀病毒基因組變異分析:基因組變異分析的參考基因組為GenBank發(fā)布的2019新型冠狀病毒株基因組序列MN908947.3,SARS-Cov為SARS 冠狀病毒,bat-SL-CoVZC45為類SARS冠狀病毒蝙蝠株,其余基因組序列來源于GISAID發(fā)布的2019新型冠狀病毒株。紅色豎線表示變異位點。

來源: 北京基因組研究所