隨著日前一篇由未經(jīng)評議文章上傳到了生命科學(xué)領(lǐng)域最大預(yù)印本網(wǎng)站 bioRxiv，“新冠病毒并非自然形成”的說法甚囂塵上，在中外輿論場引發(fā)了大量討論。文章來自印度理工學(xué)院德里分校研究團(tuán)隊(duì)。

這個時候，我們該選擇相信什么？

圖丨此次的印度論文（來源：bioRxiv）

印度學(xué)者：新冠病毒被插入 HIV 病毒關(guān)鍵氨基酸序列

先來看看這是一篇怎樣的文章。

這篇名為“Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag（HIV Env/Gag 和 2019-nCoV Spike 蛋白間特異序列插入的異常相似性分析”）的論文指出，這次新冠病毒 S 蛋白的 4 個不連續(xù)位點(diǎn)被插入了 HIV 病毒的氨基酸序列。

S 蛋白（spike protein， 棘突蛋白）是幫助冠狀病毒與宿主受體ACE2結(jié)合的關(guān)鍵存在，這些蛋白質(zhì)的變化可以反映為病毒宿主特異性的變化。確定 S 蛋白的具體區(qū)域?qū)π滦?a target="_blank" href="http://www.fqxs.cn/tag/%e5%86%a0%e7%8a%b6%e7%97%85%e6%af%92" title="View all posts in 冠狀病毒">冠狀病毒疫苗的研發(fā)非常重要。

由于新冠病毒的 S 蛋白與 SARS GZ02 具有最相似的血統(tǒng)，團(tuán)隊(duì)因此使用 MultiAlin 軟件比較了這兩種病毒的 S 蛋白編碼序列，發(fā)現(xiàn)了四個新插入片段：“GTNGTKR”（IS1），“HKNNKS”（IS2），“GDSSSG”（IS3）和“QTNSPRRA”（IS4）。

然后，團(tuán)隊(duì)使用 pBLAST 序列比對工具，檢索了美國國立生物技術(shù)信息中心（NCBI）的病毒基因組數(shù)據(jù)庫，從已知的病毒基因組中鑒定出與新冠病毒這些短序列相似的存在。該數(shù)據(jù)庫包含超過 300 萬個病毒基因組序列。

圖丨 NCBI 的病毒基因組數(shù)據(jù)庫（來源：NCBI）

結(jié)果顯示，所有這四個插入片段與某個 HIV 病毒變體匹配。相似序列來自 HIV 病毒中的 gp120 和 Gag 蛋白，前者也是病毒包膜識別蛋白。

這篇未經(jīng)評議的文章中提到幾個關(guān)鍵點(diǎn)分別在于，這四個片段發(fā)揮識別動物細(xì)胞的功能，未在冠狀病毒科的其他種類中觀察到，反而都映射到 HIV 病毒氨基酸的短片段，“不大可能會自然發(fā)生”。

研究人員在這篇文章中指出，在新冠病毒 S 蛋白的立體結(jié)構(gòu)上，這 4 個插入位點(diǎn)恰好與動物細(xì)胞膜上的病毒受體相互結(jié)合，也就是說，這 4 個插入位點(diǎn)的存在可讓病毒更好地入侵動物細(xì)胞，使其具備和 HIV 病毒類似的感染能力，而其毒性則仍由冠狀病毒所決定。

圖丨新冠病毒的模擬蛋白（來源：bioRxiv）

文章寫道：“令我們詫異的是，這片段不存在于 SARS 的 S 蛋白中，而且在冠狀病毒科的其他種類中也未觀察到。這令人震驚，因?yàn)椴《静惶赡茉诙虝r間內(nèi)偶然地獲得這種獨(dú)特的插入片段……

“有趣的是，盡管這些插入片段在一級氨基酸序列上表現(xiàn)為非連續(xù)，但 3D 建模表明，它們會聚在一起構(gòu)成新冠病毒的受體結(jié)合位點(diǎn)……

“最新 28 種臨床分離株的基因組序列顯示，這些插入部分存在于所有分離株中。也就是說，新冠病毒已經(jīng)獲得這些插入片段，為其提供了額外的生存和感染優(yōu)勢?！?/p>

盡管沒有明確聲明，但不難看出，這篇未經(jīng)評議論文在暗示，新冠病毒可能是人工干預(yù)的結(jié)果。

截至目前，這是我們看到將新冠病毒與 HIV 病毒相關(guān)聯(lián)的唯一此類主要論文。

哈佛大學(xué)劉如謙：這項(xiàng)研究不靠譜

新冠病毒疫情正在全球蔓延，在這個時間點(diǎn)上發(fā)表這樣充滿陰謀論色彩的言論，再加上近日發(fā)現(xiàn)對新冠病毒起作用的藥物包括抗艾滋病藥物，文章迅速引來了大量關(guān)注。不少行業(yè)內(nèi)的研究者紛紛發(fā)表看法。

對于這一聳人聽聞的研究結(jié)果，哈佛大學(xué)科學(xué)家、CRISPR 基因大牛劉如謙（David Liu）教授在推特稱這一研究結(jié)果不靠譜，純屬陰謀論。

圖丨劉如謙評論（來源：推特）

劉如謙寫道：“僅憑借短插入片段就聲稱新冠病毒起源‘不太可能是自然界偶然發(fā)生’已經(jīng)讓人高度懷疑，這是弄丟鑰匙卻只在路燈下尋找的經(jīng)典做派。這個世界已經(jīng)足夠可怕，我們不需要錯誤的分析來激起陰謀論?！?/p>

圖丨 ARI ALLYN-FEUER 批判文章（來源：theprepared.com ）

一位名為 ARI ALLYN-FEUER 的美國生物信息學(xué)博士、任職某大型制藥公司首席科學(xué)家則發(fā)表了更為詳細(xì)的文章，從三個方面駁斥了“新冠病毒是用人工手段由 HIV 病毒改造而來”的說法：

首先，印度文章中關(guān)于新冠病毒的序列與其最接近已知近親序列有所不同，這一點(diǎn)并沒有什么特別的。

其次，與 HIV 病毒的序列匹配的片段非常短，且都出現(xiàn)在兩種病毒的高可變區(qū)中。新冠病毒和其他的病毒也已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了相似的重疊片段。

最后，從理論上講，HIV 病毒可以賦予其他病毒艾滋病毒特性的片段沒有出現(xiàn)在新冠病毒中。并且新冠病毒也沒有已知冠狀病毒所沒有的獨(dú)特臨床特性。

“換句話說，序列重疊實(shí)際上并沒有什么稀奇的，這并不是什么重大獨(dú)家新聞。這個印度小組陷入了生物信息學(xué)研究誤區(qū)”。至此，他認(rèn)為印度研究者的工作得出的結(jié)論有誤導(dǎo)公眾之嫌，最核心的論點(diǎn)是“新冠病毒與 HIV 病毒重疊的序列特別短，完全不能體現(xiàn) HIV 的特性。”

與此同時，在超過 300 萬個病毒基因組序列中尋找相似的片段，是一件非常容易的事情。印度文章發(fā)表后的數(shù)小時內(nèi)，便有其他科學(xué)家指出，用 pBLAST 檢索 4 個序列，發(fā)現(xiàn)很多其他種類的病毒、甚至是細(xì)菌、原生動物、真菌、果蠅、植物當(dāng)中，也存在相似情況，“不明白為何印度這支團(tuán)隊(duì)第一時間想到的是 HIV 病毒”。在國內(nèi)，知乎網(wǎng)站上也有關(guān)于這篇文章的熱門討論，駁斥印度文章的論據(jù)也主要集中在上述的幾個方面中。

圖丨 pBLAST 檢索情況（來源：pBLAST）

隨著駁斥印度文章的大量專業(yè)聲音涌現(xiàn)，論文的研究團(tuán)隊(duì)今日宣布，將從預(yù)印本網(wǎng)站中撤回并發(fā)布修改版本。

圖丨印度團(tuán)隊(duì)回應(yīng)聲明（來源：bioRxiv）

早在 1 月 29 日，這篇印度學(xué)者文章就引起了美國流行病學(xué)家和公共衛(wèi)生科學(xué)家 Eric Feigl-Ding 的高度關(guān)注。他還專門在推特上針對該論文展開持續(xù)的討論，他給出的 5 點(diǎn)結(jié)論是：

1. 武漢華南海鮮市場不是病毒最初來源；

2. 新冠病毒突變快；

3. 新冠病毒具有任何冠狀病毒中從未見過的異常片段；

4. 新冠病毒與艾滋病毒的“混合”不是最近發(fā)生的；

5. 異常片段負(fù)責(zé)進(jìn)入宿主細(xì)胞的蛋白質(zhì)。

雖然這些結(jié)論同樣具有高度指向性，但 Eric Feigl-Ding 仍在推特中聲明：“我絕對不是在說生物工程，也不是在支持任何沒有證據(jù)的陰謀論。我只是說科學(xué)家需要做更多的研究并獲取更多的數(shù)據(jù)，病毒溯源將是研究優(yōu)先重點(diǎn)?！?/p>

由此，這篇富有爭議的文章也為我們留下了一個更廣闊的重要問題：

對于那些正處于快速變化階段、當(dāng)下全球公眾迫切關(guān)心的事件，未經(jīng)同行評議的相關(guān)科研成果是否還被允許照常公開發(fā)表？

這是個難題。

來源：麻省理工科技評論