2020年2月9日，預(yù)印本網(wǎng)站bioRxiv更新一篇新冠病毒相關(guān)論文，美國密歇根大學(xué)的研究人員認(rèn)為，2019-nCoV的中間宿主相比較于蛇更可能是哺乳動物和鳥類，并且在刺突蛋白中觀察到的新插入序列是從蝙蝠冠狀病毒自然進(jìn)化而來的。

以下為論文詳細(xì)內(nèi)容：

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2019新冠病毒（2019-nCoV）最近在中國武漢引起了肺炎大暴發(fā)，并已擴(kuò)散到全球至少20個國家。

截止到2020年2月8日，全球范圍內(nèi)已確診37000多例患者，并造成了800多人死亡。

目前迫切需要對其傳播和細(xì)胞機(jī)制進(jìn)行仔細(xì)分析。

美國密歇根大學(xué)的研究人員重新分析了最近兩篇論文中計(jì)算方法和“驚人”發(fā)現(xiàn)（https://doi.org/10.1002/jmv.25682和https://doi.org/10.1101/2020.01.30.927871）。

前一篇論文認(rèn)為蛇是2019-nCoV的中間宿主，而后一篇論文發(fā)現(xiàn)2019-nCoV刺突蛋白插入與HIV-1具有獨(dú)特的相似性。

研究人員使用最新的生物信息學(xué)方法和數(shù)據(jù)庫在大規(guī)模數(shù)據(jù)集上進(jìn)行了重新分析，結(jié)果并不支持這些論文中提出的結(jié)論。

在前一篇論文中，Ji等人利用同義密碼子相對使用度（RSCU）發(fā)現(xiàn)，在8個分析的脊椎動物中，蛇類的RSCU與2019-nCoV的差異最小。

研究人員重新對分析了該數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)，Ji等人使用的蛇類測序數(shù)據(jù)只包含了約300個蛋白編碼基因，僅占蛇類總基因的2%。

而且現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫中有超過10萬個脊椎動物的基因組數(shù)據(jù)，而Ji等人僅比較了8個。

通過全面比較10萬余個脊椎動物的基因組數(shù)據(jù)，研究人員發(fā)現(xiàn)2019-nCoV的RSCU與蛙類的差異最小。

然而，這并不意味著蛙類是2019-nCoV的中間宿主；相反，研究人員認(rèn)為，利用RSCU來推測冠狀病毒的天然宿主和中間宿主并不靠譜。

在另一篇論文中（作者已主動撤稿），Pradhan等人發(fā)現(xiàn)2019-nCoV突刺蛋白中存在四個與HIV-1相似的獨(dú)特插入片段。

研究人員對突刺蛋白中四個插入片段的結(jié)構(gòu)定位與序列同源性進(jìn)行了重新分析。

他們的分析表明，這四個插入片段定位在突刺蛋白受體結(jié)合結(jié)構(gòu)域的外面，而非Pradhan等人所說的在與ACE2受體接觸的表面。

進(jìn)一步的序列同源性比較發(fā)現(xiàn)，這四個插入序列并非2019-nCoV和HIV-1所特有，在其他病毒中也存在，包括蝙蝠冠狀病毒。

進(jìn)一步的進(jìn)化關(guān)系分析表明，2019-nCoV與蝙蝠冠狀病毒RaTG13存在更近的親緣關(guān)系。

總之，根據(jù)研究人員的分析和冠狀病毒的現(xiàn)有數(shù)據(jù)，他們認(rèn)為，2019-nCoV的中間宿主相比較于蛇更可能是哺乳動物和鳥類，并且在刺突蛋白中觀察到的新插入序列是從蝙蝠冠狀病毒自然進(jìn)化而來的。

作者：

Chengxin Zhang, Wei Zheng, Xiaoqiang Huang, Eric W Bell, Xiaogen Zhou, Yang Zhang

相關(guān)論文信息：

Protein structure and sequence re-analysis of 2019-nCoV genome does not indicate snakes as its intermediate host or the unique similarity between its spike protein insertions and HIV-1

DOI: 10.1101/2020.02.04.933135

來源：小柯生命微信公眾號