近日，福建省莆田市和廈門市相繼出現(xiàn)本土新冠肺炎病例肆虐，此次疫情初步判定為由德爾塔變異株（Delta VOC, variant of concern）引起，且已迅速成為目前盛行的優(yōu)勢(shì)毒株。國(guó)內(nèi)外衛(wèi)生系統(tǒng)數(shù)據(jù)均初步顯示Delta VOC傳播力強(qiáng)，但國(guó)內(nèi)外尚未充分認(rèn)識(shí)Delta變異株的傳播鏈、病毒動(dòng)力學(xué)和臨床特征等。

廣州團(tuán)隊(duì)首發(fā)Delta變異株完整傳播鏈

今年五月底，由Delta變異株引起的新一輪疫情以廣州為中心開始爆發(fā)。廣州醫(yī)科大學(xué)附屬市八醫(yī)院、廣州醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院等針對(duì)此次疫情，結(jié)合流行病學(xué)和病毒基因組測(cè)序技術(shù)，首次詳盡地描繪出Delta變異株的完整傳播鏈，并分析了Delta變異株的病毒動(dòng)力學(xué)特點(diǎn)和臨床特征。結(jié)果顯示：與野生株隊(duì)列相比，Delta VOC傳播更快，潛伏期更短，病毒載量更高及病毒清除時(shí)間更長(zhǎng)，高齡患者感染Delta VOC更容易展為危重癥。

值得關(guān)注的是，本研究中用于構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹的病毒全基因組測(cè)序，使用了華大智造的MGISEQ-2000高通量測(cè)序儀和ATOPlex SARS-CoV-2全基因組擴(kuò)增panel。

本次研究成果名為“Transmission, viral kinetics and clinical characteristics of the emergent SARS-CoV-2 Delta VOC in Guangzhou, China”，已于9月12日發(fā)表在國(guó)際權(quán)威醫(yī)學(xué)期刊《柳葉刀》（The Lancet）子刊EClinicalMedicine上。

材料與方法

本次研究的研究對(duì)象為2021年5月21日至6月18日在廣州確診的159例Delta變異株病例，并與2020 年1月至2月感染新冠野生型SARS-CoV-2的260例病例進(jìn)行了對(duì)比。此外，還收集整理了所有確診患者的確診病例接觸史及旅居史等流行病學(xué)數(shù)據(jù)。經(jīng)過流行病學(xué)調(diào)查和系統(tǒng)發(fā)育樹分析，該研究揭示了Delta變異株的完整傳播鏈。

高齡患者危重癥風(fēng)險(xiǎn)高3倍！華大智造測(cè)序平臺(tái)助力揭示德爾塔變異株完整傳播鏈及臨床特征研究-肽度TIMEDOO
（廣州醫(yī)科大學(xué)附屬市八醫(yī)院研究團(tuán)隊(duì)正在使用華大智造MGISEQ-2000測(cè)序平臺(tái)）

結(jié)論

1.傳播鏈——共同用餐和家庭接觸的傳播比例最高

Delta變異株主要通過直接和間接的近距離接觸傳播，其中共同用餐占比最高（30.8%），其次分別是家庭接觸(29.6%)、社區(qū)傳播(18.2%)，以及包括工作和社交接觸在內(nèi)的其他傳播途徑（19.87%）。Delta變異株臨床特征諸多，入院三天內(nèi)最常見的癥狀是咳嗽（65%），其次是發(fā)燒（63%）和咳痰（53%）。腹瀉 (5%) 和嘔吐 (4%) 等胃腸道癥狀并不常見。

高齡患者危重癥風(fēng)險(xiǎn)高3倍！華大智造測(cè)序平臺(tái)助力揭示德爾塔變異株完整傳播鏈及臨床特征研究-肽度TIMEDOO
（廣州Delta變異株的流行病學(xué)傳播網(wǎng)絡(luò)）
2.潛伏期更短，傳播速度快

研究數(shù)據(jù)表明，Delta變異株的潛伏期明顯短于野生株（4.0天vs 6.0天，P < 0.001）；在非重癥組中，Delta 變異株的潛伏期亦明顯短于野生株（4.0天vs 7.0天，p<0.001）。此外，Delta變異株的傳播速度快，Delta變異株在短短十天內(nèi)傳播了四代，其中最短的代際傳播不超過一天。

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（SARS-CoV-2野生株及Delta變異株感染者的潛伏期）
3.病毒載量高

研究結(jié)果顯示，比起野生株，Delta變異株具有較高的病毒載量（Ct值中位數(shù)20.6 vs 34.0；p < 0.001），在非重癥、重癥和危重癥患者中此趨勢(shì)一致。Delta變異株感染者核酸轉(zhuǎn)陰時(shí)間 (Ct值>40) 也更長(zhǎng)。

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（SARS-CoV-2野生株及Delta變異株感染者的病毒載量峰值及動(dòng)態(tài)變化）
4.60歲以上患者危重癥風(fēng)險(xiǎn)更高

危重癥患者中，感染Delta變異株的所有患者年齡都≥60歲，而在野生株中，這一比例只有69%。其中，感染Delta變異株發(fā)展為危重癥的風(fēng)險(xiǎn)是感染野生型的2.98倍?？梢哉J(rèn)為，老年患者感染Delta變異株后更容易發(fā)展至危重癥。

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（預(yù)后因素的 Kaplan-Meier 生存圖）

綜上所述，本研究揭示了Delta變異株的完整傳播鏈，總結(jié)了Delta變異株傳染性強(qiáng)、病毒載量高、核酸轉(zhuǎn)陰時(shí)間長(zhǎng)、患病風(fēng)險(xiǎn)更大等特點(diǎn)。除了本次研究中的病毒測(cè)序與分析，華大智造的高通量測(cè)序儀MGISEQ-2000和ATOPlex多重PCR平臺(tái)還參與了多個(gè)國(guó)內(nèi)外新冠病毒研究項(xiàng)目。以華大智造為代表的國(guó)產(chǎn)測(cè)序平臺(tái)，不僅積極參與國(guó)內(nèi)防疫，也為各國(guó)抗疫做出了重要貢獻(xiàn)，更向全球展示了中國(guó)科研的力量。

基于高校、科研機(jī)構(gòu)及企業(yè)的努力，研究新冠病毒及其變異株、揭示其傳播特性，為全國(guó)乃至全球進(jìn)一步抗擊病毒、防控疫情提供了可靠的理論依據(jù)和先進(jìn)經(jīng)驗(yàn)，是有效對(duì)抗疫情的前提。

來源：基因慧