2022年5月25-27日|計算生物學(xué)——生物分子結(jié)構(gòu)預(yù)測和動力學(xué)模擬研討班
計算生物學(xué)是一門典型的交叉學(xué)科,涉及的學(xué)科包括數(shù)學(xué)、統(tǒng)計學(xué)、化學(xué)、物理學(xué)、生物學(xué)和計算機(jī)科學(xué)等。就整個學(xué)科的內(nèi)容而論,計算生物學(xué)最終是以生命科學(xué)中的現(xiàn)象和規(guī)律作為研究對象,以解決生物學(xué)問題為最終目標(biāo),數(shù)學(xué)和計算機(jī)僅僅是解決問題的工具和手段。
計算生物學(xué)領(lǐng)域的研究進(jìn)展極大地加深了我們對和疾病密切相關(guān)的分子靶標(biāo)的認(rèn)識。所有生命過程的實現(xiàn)都是相應(yīng)蛋白質(zhì)發(fā)揮相應(yīng)功能實現(xiàn)的,然而,如何有效地利用基本生物學(xué)信息,還需要我們從分子甚至原子水平上來掌握生物大分子的三維結(jié)構(gòu)和相關(guān)分子之間(蛋白質(zhì)、核酸、小分子)的相互作用,進(jìn)而針對疾病靶標(biāo)來設(shè)計治療性藥物。
本研討班旨在具體蛋白質(zhì)與相關(guān)分子(蛋白質(zhì)、核酸、小分子)的結(jié)構(gòu)預(yù)測,并進(jìn)一步進(jìn)行分子動力學(xué)模擬預(yù)測結(jié)構(gòu)在實際反應(yīng)體系下的結(jié)構(gòu)特點(diǎn),進(jìn)而為生命現(xiàn)象的解釋及疾病靶標(biāo)的改造提供支撐。
本次研討班分為四個階段
1、掌握必備的基礎(chǔ)知識
深刻解讀蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件、蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)獲取,蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)展示,相關(guān)軟件安裝和操作等。
2、掌握相關(guān)分子結(jié)構(gòu)預(yù)測流程
以實際操作為例,形象展示蛋白質(zhì)、核酸、小分子結(jié)構(gòu)的預(yù)測流程及三維結(jié)構(gòu)查看,為后續(xù)分子動力學(xué)模擬奠定基礎(chǔ)。
3、掌握分子動力學(xué)模擬流程
以實際結(jié)構(gòu)為例,詳細(xì)介紹分子動力學(xué)的原理、軟件過程及后續(xù)結(jié)果分析。
4、基于分子結(jié)構(gòu)預(yù)測和分子動力學(xué)模擬的研究思路
以實際案例和高分論文為例,講解計算生物學(xué)研究思路
授課對象:有計算生物學(xué)分析需求的或者希望深入了解并掌握分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫及分析工具的研究生、科研工作者。
學(xué)員基礎(chǔ):由于培訓(xùn)具備一定的深度和廣度,我們希望學(xué)員應(yīng)具有學(xué)習(xí)計算生物學(xué)軟件的興趣、基本的生物、化學(xué)概念和相關(guān)基礎(chǔ)知識。
電腦要求:64位windows10操作系統(tǒng),運(yùn)行日常程序流暢。
主辦單位:北京市計算中心有限公司
協(xié)辦單位:
北京市基因測序與功能分析工程技術(shù)研究中心
云計算關(guān)鍵技術(shù)與應(yīng)用北京市重點(diǎn)實驗室
工業(yè)和信息化人才培養(yǎng)工程培訓(xùn)基地
北京市大數(shù)據(jù)教學(xué)實踐基地
舉 辦 地:北京市海淀區(qū)豐賢中路7號北科產(chǎn)業(yè)3號樓
課程安排:2022年5月25日-27日(周三–周五) 上午9:30-11:30 下午13:30-17:00
時間 | 主題 | 授課內(nèi)容 | 備注 |
第一天 | 計算生物學(xué)研究方法及蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫使用 | 1、計算生物學(xué)概述 2、生物分子結(jié)構(gòu)預(yù)測和動力學(xué)模擬研究案例介紹 3、挑選最新Cell. Nature. Science. PNAS等高端雜志論文,進(jìn)行論文思路闡述 |
理論+實操 |
計算生物學(xué)研究方法及蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫使用 | 4、PDB文件: 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件詳解 5、PDB數(shù)據(jù)庫: 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的檢索和獲取 |
理論+實操 | |
生物分子結(jié)構(gòu)可視化軟件介紹與使用 | 6、VMD:結(jié)構(gòu)可視化軟件操作演練 7、氨基酸突變對蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的影響分析 8、VMD查看分子動力學(xué)模擬結(jié)果 9、VMD作圖實例講解與練習(xí) |
理論+實操 | |
分子動力學(xué)模擬原理及軟件實操 | 10、NAMD:分子動力學(xué)模擬軟件操作演練; | 理論+實操 | |
第二天 | 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測原理及軟件實操 | 11、同源建模原理介紹 12、Swiss-model: 在線同源建模 13、Modeller: 同源建模軟件操作演練 14、I-TASSER:蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測 15、Rosetta:蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測和分子對接 16、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測結(jié)果分析 |
理論+實操 |
其它生物分子結(jié)構(gòu)預(yù)測原理及軟件實操 | 17、NDB:核酸結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫及核酸結(jié)構(gòu)預(yù)測 18、Pubchem:化學(xué)小分子結(jié)構(gòu)獲取與預(yù)測 |
理論+實操 | |
第三天 | 分子動力學(xué)模擬原理及軟件實操 | 19、Linux常用命令使用和上機(jī)操作 20、Linux環(huán)境下軟件安裝 |
理論+實操 |
分子動力學(xué)模擬原理及軟件實操 | 21、分子動力學(xué)簡介;21、Gromacs:分子動力學(xué)模擬軟件操作演練(Linux操作系統(tǒng)下) 22、Amber:分子動力學(xué)模擬軟件操作演練(Linux操作系統(tǒng)下) 23、分子動力學(xué)計算與結(jié)果分析 |
理論+實操 |
注:課程以實際發(fā)生為準(zhǔn);若調(diào),會提前通知。
【報名費(fèi)用】
注冊費(fèi):4200元/人(含當(dāng)期聽課費(fèi)、資料費(fèi)、證書費(fèi)、考試費(fèi)(如有))。培訓(xùn)期間,食宿自理。
提供當(dāng)期視頻回放以供復(fù)習(xí)使用(羽林學(xué)院平臺)。
開具增值稅發(fā)票,提供蓋章通知、結(jié)業(yè)證書等相關(guān)材料。
【報名優(yōu)惠政策】
1、3人以上團(tuán)體報名每人可減少300元;
2、4+1團(tuán)報,可免費(fèi)贈送一個名額;
3、上面優(yōu)惠政策不能同時享受,只能享受其中一種;
老學(xué)員參加及推薦學(xué)員參加均可額外優(yōu)惠200元。
培訓(xùn)以收到學(xué)員培訓(xùn)費(fèi)為成功報名,培訓(xùn)座位按收到費(fèi)用先后順序安排。
【付費(fèi)方式】
現(xiàn)金、支票、銀行轉(zhuǎn)賬、銀行匯款、現(xiàn)場刷卡
單位全稱:北京市計算中心有限公司
賬號:0200151819100023937
開戶銀行:中國工商銀行股份有限公司北京永豐支行
(匯款信息備注:“生物計算——您的姓名”,個人匯款請備注單位名稱)
注:款項支出后,請?zhí)峁└犊罨貓?zhí)給工作人員,方便核實到賬、開具發(fā)票。
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