2023.8.7-9|單細胞及空間轉(zhuǎn)錄組生信分析實戰(zhàn)培訓(xùn)班-肽度TIMEDOO

隨著單細胞技術(shù)的發(fā)展和廣泛應(yīng)用,單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)已經(jīng)成為生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域中的一個重要研究方向。單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以在單細胞水平上揭示不同細胞類型之間的異質(zhì)性,為研究細胞發(fā)育、疾病發(fā)生和治療等提供了新的手段和思路。單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以揭示不同細胞類型之間的異質(zhì)性和細胞發(fā)育過程中的轉(zhuǎn)錄組動態(tài)變化。通過分析單個細胞的轉(zhuǎn)錄組,我們可以了解到不同細胞類型的基因表達差異和功能特征,同時也可以研究細胞發(fā)育過程中的分子機制和轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。

在本培訓(xùn)班中,您將學(xué)習(xí)如何使用最先進的單細胞分析技術(shù)Seurat和R語言,進行單細胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組分析,并了解SCI繪圖的基本原理和應(yīng)用。

具體內(nèi)容包括:

1)單細胞RNA測序(scRNA-seq)技術(shù)及數(shù)據(jù)預(yù)處理;

2)單細胞轉(zhuǎn)錄組分析工具Seurat的基本操作及高級分析方法;

3)空間轉(zhuǎn)錄組測序(Spatial Transcriptomics)技術(shù)及數(shù)據(jù)分析;

4)使用R語言進行單細胞分析和SCI繪圖。

本課程適合從事生物信息學(xué)、細胞生物學(xué)、分子生物學(xué)和生命科學(xué)等領(lǐng)域的科研人員、學(xué)生和技術(shù)人員。無論您是初學(xué)者還是有一定經(jīng)驗的專業(yè)人士,我們都將為您提供最新的技術(shù)和實踐經(jīng)驗。

主辦單位:北京市計算中心有限公司
協(xié)辦單位:

北京市基因測序與功能分析工程技術(shù)研究中心

云計算關(guān)鍵技術(shù)與應(yīng)用北京市重點實驗室

工業(yè)和信息化人才培養(yǎng)工程培訓(xùn)基地

北京市大數(shù)據(jù)教學(xué)實踐基地

支持單位:肽度TIMEDOO

舉 辦 地:北京市海淀區(qū)豐賢中路7號北科產(chǎn)業(yè)3號樓
課程安排:2023年8月7-9日(周一-周三)?上9:30-11:30 下13:30-17:00
日期
主題
內(nèi)容
備注
第一天
單細胞、空間轉(zhuǎn)錄組及bulk轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)
1.?單細胞測序技術(shù)研究現(xiàn)狀及應(yīng)用
2.?單細胞轉(zhuǎn)錄組實驗設(shè)計及建庫測序原理(重點介紹10x genomics)
3.?空間轉(zhuǎn)錄組實驗設(shè)計及建庫測序原理
4.?二代測序技術(shù)簡介
5.?bulk轉(zhuǎn)錄組實驗設(shè)計及建庫測序原理
理論
上機操作基礎(chǔ)
1.?R語言簡介
2.?R語言安裝及配置
3.?R語言數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)
4.?R語言數(shù)據(jù)處理
5.?R語言基本統(tǒng)計繪圖
6.?單細胞分析相關(guān)R包的安裝
理論+
實踐
第二天
使用Seurat進行單細胞標準分析
1、Cell ranger分析過程和結(jié)果解讀
2、Seurat數(shù)據(jù)基本結(jié)構(gòu)(創(chuàng)建,結(jié)構(gòu)形式,包含內(nèi)容)
3、數(shù)據(jù)質(zhì)控及預(yù)處理(細胞選擇和過濾、數(shù)據(jù)規(guī)范化和縮放以及高度可變特征的檢測)
4、細胞分群
5、非線性降維(UMAP/tSNE)
6、差異表達特征
7、細胞群注釋(手動注釋和軟件注釋)
8、可視化(小提琴圖,熱圖,聚類圖,拐點圖,火山圖,點線圖)
理論+
實踐
使用Seurat進行單細胞高級分析
1、 去除批次效應(yīng)(Harmony)
2、 細胞周期分析(seurat)
3、 通訊分析(cellchat)
4、 擬時序分析(monocle3)
5、 細胞注釋(SingleR)
6、 富集分析(GSEA,Go/KEGG)
7、腫瘤細胞拷貝數(shù)變異(InferCNV)
8、 雙胞預(yù)測(DoubletFinder)
9、 Pseudobulk(muscat)
理論+
實踐
第三天
單細胞多組學(xué)整合分析
1、單細胞轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組的數(shù)據(jù)格式
2、構(gòu)建Seurat的轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)對象
3、標準化流程分析
4、多組學(xué)數(shù)據(jù)結(jié)果展示
5、識別標記(轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組)
理論+
實踐
空間轉(zhuǎn)錄組分析
1、數(shù)據(jù)導(dǎo)入和預(yù)處理
2、基因表達可視化
3、空間特征識別
4、區(qū)域子集分析
理論+
實踐
單細胞SCI繪圖優(yōu)化
1、ggplot繪圖語法介紹
2、Seurat繪圖結(jié)果使用ggplot進行優(yōu)化
3、Seurat結(jié)果保存
理論+
實踐
注:內(nèi)容以實際發(fā)生為準;若調(diào),會提前通知。

報名費用

注冊費:4200元/人(含當(dāng)期聽課費、資料費、證書費、考試費(如有))。
提供當(dāng)期視頻回放以供復(fù)習(xí)使用(羽林學(xué)院平臺)。
開具增值稅發(fā)票,提供蓋章通知、結(jié)業(yè)證書等相關(guān)材料。

報名優(yōu)惠政策

1、3人以上團體報名每人可減少300元;
2、4+1團報,可免費贈送一個名額;
3、上面優(yōu)惠政策不能同時享受,只能享受其中一種;
老學(xué)員參加及推薦學(xué)員參加均可額外優(yōu)惠200元。

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李老師:vicolee2021(微信)
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