中山大學中山醫(yī)學院教授張宏波團隊與英國Sanger 研究所教授Sarah Teichmann團隊合作，研究建立了首個人類肢體發(fā)育的單細胞時空圖譜并解析關鍵調(diào)控機制。12月6日，相關成果在線發(fā)表于Nature。

“我們基于單細胞轉錄組學和空間轉錄組學技術建立的首個人類肢體發(fā)育單細胞圖譜，解析了從肢體發(fā)生早期到形態(tài)完全形成的細胞演變路徑和細胞空間位置決定過程。”論文共同通訊作者張宏波對《中國科學報》表示。

每500個新生兒就有一例四肢發(fā)育異常

“四肢發(fā)育異常是全球報告最多的出生綜合癥之一，全球大約每500個新生兒即可發(fā)現(xiàn)一例?！闭撐墓餐谝蛔髡?、張宏波團隊博士后王帥玉表示，發(fā)育過程中，我們四肢的形成并非一蹴而就，而是經(jīng)歷過復雜的細胞演變過程。

據(jù)她介紹，在胚胎發(fā)育第四周末，四肢僅以簡單的幾乎均一細胞團形狀凸起出現(xiàn)在身體的兩側，但到了第八周，這一細胞團則已經(jīng)完全分化，形成具有復雜解剖結構的四肢，并形成完整的手指和腳趾，這依賴于細胞之間非常迅速而精確的協(xié)調(diào)。對這一過程的任何微小擾動都可能產(chǎn)生顯著的下游效應。

因為肢體發(fā)育涉及細胞命運決定和空間位置形成兩個經(jīng)典發(fā)育問題，長期以來其被作為發(fā)育生物學的重要模型進行研究。在對小鼠、雞等模式動物研究中，一系列肢體形成的基本問題，如近遠軸的幾個關鍵決定基因、前后軸的基本細胞定位和信號通路等已經(jīng)得到初步闡釋。然而，囿于技術和倫理限制，人類肢體形成的基本過程，如詳細的細胞演變路徑，決定細胞命運的關鍵基因與疾病的聯(lián)系等尚未有研究。

“更重要的是，模式動物中發(fā)現(xiàn)的肢體形成機制與人類有多大的相似性，以及有多大程度可以用于人類再生醫(yī)學實踐亦長期存疑。近年來發(fā)展的單細胞技術使得在人類中直接研究肢體發(fā)育過程中的細胞命運決定和空間位置形成成為可能。”論文共同第一作者、張宏波團隊博士后張寶表示。

在國家重點研發(fā)計劃、國家自然科學基金、英國Wellcome Trust等項目的支持下，該研究運用單細胞轉錄組學技術，利用肢體發(fā)育過程中細胞演變過程的連續(xù)性，從多個時期不同個體取樣，繪制了包含所有細胞類型的人肢體發(fā)育細胞連續(xù)演變圖景并解析了其關鍵調(diào)控機制。

建立人類肢體發(fā)育的單細胞時空圖譜

記者獲悉，研究人員結合空間轉錄組學技術精確定位發(fā)育中肢體中細胞的確切位置，以及隨著發(fā)育時間變化細胞位置的變化規(guī)律。利用單細胞時空圖譜，研究人員能夠追蹤在特定時間和特定區(qū)域產(chǎn)生的細胞類型、鑒定到新的細胞類型，并可以對相應細胞類型詳細刻畫其激活的特定基因表達程序。這些時序性基因表達模式通常對塑造正在生長的四肢具有重要調(diào)節(jié)作用。

張宏波表示，作為研究的一部分，我們證明這些基因模式對手和腳趾的形成有影響，并識別出關鍵調(diào)控基因。對組織進行染色進一步清楚地揭示了構成手指和腳趾的原始細胞類型如何以不同的方式將自身排列成形成指和趾的雛形，并確定了相應細胞類型的特異表達基因。當這些基因的表達不遵循既定模式時，將導致特定的發(fā)育表型，如短指（手指或腳趾短）和多指（多余的手指或腳趾）發(fā)育異常等。

研究人員還重點分析了構成肢體的骨骼肌，以及由肢體間充質細胞發(fā)育形成的組織類型的細胞發(fā)育模式。研究清晰鑒定到人類骨骼肌的兩條形成路徑以及各路徑的特異表達基因，這些認識對后續(xù)進一步確定骨骼肌形成過程中的細胞命運歧化關鍵調(diào)節(jié)基因和機制具有重要的提示作用。

有趣的是，該研究發(fā)現(xiàn)調(diào)控上下肢差異決定的PITX1基因在調(diào)控不同肢體的骨骼肌形成卻可能具有統(tǒng)一的機制。研究人員還同步獲得了小鼠四肢的發(fā)育的單細胞轉錄組數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)四肢發(fā)育的許多方面在人類和小鼠之間具有極高相似性。

“該研究在單細胞水平和2D空間結構層面解析了人類肢體，這一復雜解剖結構如何形成的過程?！睆埡瓴ū硎荆撗芯繛檫M一步跨物種深入研究肢體發(fā)育的詳細調(diào)節(jié)機制、肢體發(fā)育異常的細胞生理機制，乃至更廣泛的發(fā)育和再生過程中細胞命運調(diào)節(jié)機制和空間位置建成機制提供了重要參考。

單細胞圖譜的構建及細胞類型的時空分布。受訪者供圖，下同

趾和趾間的形成及調(diào)節(jié)機制

人類兩輪骨骼肌形成的路徑和細胞分化調(diào)節(jié)基因

相關論文信息：https://www.nature.com/articles/s41586-023-06806-x

來源：中國科學報