2018年8月上半月circRNA研究報(bào)道匯總-肽度TIMEDOO

歡迎各位來到“circRNA研究報(bào)道匯總”欄目,本期從pubmed中檢索收集最新發(fā)布的circRNA文獻(xiàn)24篇,下面我們一起來看看circRNA研究有哪些新進(jìn)展。

1、circEPSTI1作為三陰性乳腺癌獨(dú)立預(yù)后因素的研究

論文標(biāo)題:circEPSTI1 as a Prognostic Marker and Mediator of Triple-Negative Breast Cancer Progression.

雜志:Theranostics
影響因子:8.573

通訊作者單位:中山大學(xué)腫瘤醫(yī)院

三陰性乳腺癌(TNBC)是指癌組織免疫組織化學(xué)檢查結(jié)果為雌激素受體(ER)、孕激素受體(PR)和原癌基因Her-2均為陰性的乳腺癌。TNBC是侵襲性最強(qiáng)的乳腺癌類型,該疾病復(fù)發(fā)率高和致死率高。這類乳腺癌占所有乳腺癌病理類型的10.0%~20.8%,具有特殊的生物學(xué)行為和臨床病理特征,預(yù)后較其他類型差。廣州中山大學(xué)腫瘤醫(yī)院謝小明團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)circEPSTI1環(huán)狀RNA可通過miRNA sponge作用機(jī)制,通過競爭性吸附miR-4753和miR-6809后上調(diào)BCL11A的表達(dá),促進(jìn)三陰性乳腺癌(TNBC)細(xì)胞的增殖和降低凋亡功能,結(jié)合臨床資料分析發(fā)現(xiàn),circEPSTI1可作為TNBC患者的獨(dú)立預(yù)后因素。該文詳細(xì)解讀請(qǐng)點(diǎn)擊circEPSTI1作為三陰性乳腺癌的預(yù)后標(biāo)志物和介導(dǎo)因子

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圖注:circEPSTI1在三陰性乳腺癌(TNBC)中的作用機(jī)制示意圖

2、實(shí)體瘤中circRNA的功能及臨床意義

論文標(biāo)題:Function and clinical significance of circRNAs in solid tumors.

雜志:J Hematol Oncol
影響因子:7.33

通訊作者單位:蘇州大學(xué)附屬第三醫(yī)院

自1979年研究者第一次在真核細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)circRNA到現(xiàn)在,circRNA研究并非一帆風(fēng)順,最初被認(rèn)為是基因轉(zhuǎn)錄過程中錯(cuò)誤剪切產(chǎn)物。高通量測序和生物信息學(xué)技術(shù)的發(fā)展才真正揭開circRNA的神秘面紗,circRNA非但不是轉(zhuǎn)錄垃圾,而且在各種生命體中普遍存在,數(shù)量眾多,功能強(qiáng)大的一種5’和3’首尾相連不同于線性RNA的環(huán)形RNA分子,在生理疾病過程中扮演重要角色。該綜述盤點(diǎn)了circRNA的各種特點(diǎn),生物形成機(jī)制假說、分子功能和研究策略,以及circRNA與不同實(shí)體瘤的關(guān)系及潛在的臨床價(jià)值,是一份很好的實(shí)體瘤circRNA研究快速入門文章。文章詳細(xì)解讀見本公眾號(hào)文章:circRNA在實(shí)體瘤中的功能和臨床意義的長篇綜述。

3、敲低circRNA.2837可通過調(diào)節(jié)神經(jīng)元自噬作用保護(hù)坐骨神經(jīng)損傷

論文標(biāo)題:Silencing of circRNA.2837 Plays a Protective Role in Sciatic Nerve Injury by Sponging the miR-34 Family via Regulating Neuronal Autophagy

雜志:Mol Ther Nucleic Acids
影響因子:5.66

通訊作者單位:第二軍醫(yī)大學(xué)長征醫(yī)院

周圍神經(jīng)損傷(PNI)是一種常見的臨床問題,主要由創(chuàng)傷和外科手術(shù)引起,給患者造成長期經(jīng)濟(jì)和社會(huì)負(fù)擔(dān)。目前已知受損的周圍神經(jīng)有一個(gè)軸突再生的內(nèi)在能力,但功能恢復(fù)差。因此,越來越多的研究致力于開發(fā)有效的周圍神經(jīng)損傷治療。目前,周圍神經(jīng)損傷的臨床前研究主要在動(dòng)物模型中進(jìn)行,坐骨神經(jīng)損傷(SNI)模型是研究周圍神經(jīng)損傷最常用的實(shí)驗(yàn)范例,使用SNI模型進(jìn)行了許多實(shí)驗(yàn)試圖在周圍神經(jīng)損傷后增加神經(jīng)再生和功能恢復(fù)。然而,現(xiàn)有的神經(jīng)損傷治療方法似乎不足,部分原因是對(duì)損傷后細(xì)胞和分子事件的理解不足。因此,提高對(duì)周圍神經(jīng)損傷后分子和分子間相互作用的理解仍然很重要。

目前越來越多研究表明circRNA在多種疾病中起著重要調(diào)控功能,但在周圍神經(jīng)損傷方面研究還有很多空白,本文研究者利用去核糖體建庫RNA-seq技術(shù)對(duì)大鼠SNI模型進(jìn)行高通量測序,鑒定出4942個(gè)circRNA分子,并發(fā)現(xiàn)circRNA.2837環(huán)狀RNA分子存顯著差異,在受損坐骨神經(jīng)組織中下調(diào)。進(jìn)一步研究該circRNA的功能和機(jī)制發(fā)現(xiàn),circRNA.2837的下調(diào)通過誘導(dǎo)自噬減輕了坐骨神經(jīng)損傷。此外,熒光素酶報(bào)告基因?qū)嶒?yàn)顯示circRNA.2837可以與miR-34家族成員結(jié)合,包括miR-34a,miR-34b和miR-34c。circRNA.2837的沉默通過直接靶向miR-34a誘導(dǎo)神經(jīng)元中的自噬。綜合各項(xiàng)實(shí)驗(yàn)證據(jù)表明,circRNA.2837可發(fā)揮ceRNA(競爭性內(nèi)源RNA)作用,通過吸附miR-34家族調(diào)節(jié)神經(jīng)元自噬。該研究結(jié)果表明,差異表達(dá)的circRNA.2837參與了坐骨神經(jīng)損傷的發(fā)病機(jī)制,環(huán)狀RNA在SNI中發(fā)揮調(diào)節(jié)功能,可作為SNI治療的潛在靶點(diǎn)。

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圖注:circRNA.2837調(diào)節(jié)神經(jīng)元自噬作用保護(hù)坐骨神經(jīng)損傷作用機(jī)制示意圖

4、NanoString nCounter一種優(yōu)秀的circRNA定量技術(shù)

論文標(biāo)題:Enzyme-free digital counting of endogenous circular RNA molecules in B-cell malignancies.

雜志:Lab Invest?影響因子:4.254

通訊作者單位:丹麥奧胡斯大學(xué)

在前期高通量實(shí)驗(yàn)篩選多個(gè)差異circRNA后,進(jìn)一步就是針對(duì)特定circRNA進(jìn)行定量分析了,通常的PCR定量檢測,看似分子生物學(xué)一項(xiàng)基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)技術(shù),但由于circRNA的特殊環(huán)形結(jié)構(gòu),且circRNA數(shù)量眾多,可變剪切形式多樣(可參看環(huán)狀RNA的可變剪接研究又一新作),對(duì)circRNA的準(zhǔn)確定量鑒定依然充滿挑戰(zhàn),技術(shù)層面還有很多提升的空間。需要考慮的因素也相對(duì)較多,比如PCR前是否需要進(jìn)行RNaseR消化,內(nèi)參如何選擇,引物設(shè)計(jì)技巧,如何識(shí)別circRNA“滾環(huán)擴(kuò)增”等(可參看環(huán)狀RNA定量PCR技術(shù)詳解,環(huán)狀RNA研究實(shí)驗(yàn)流程詳解)。本文研究者就選用了基于NanoString nCounter 熒光條形碼標(biāo)記檢測技術(shù)實(shí)現(xiàn)circRNA絕對(duì)定量分析,該技術(shù)一次可檢測約800個(gè)circRNA的表達(dá)水平,通量上比定量PCR有明顯優(yōu)勢,且定量效果和檢測靈敏度也可以與定量PCR媲美,是一種不錯(cuò)的選擇,該技術(shù)具體介紹可參看基于NanoString nCounter進(jìn)行circRNA絕對(duì)定量

文獻(xiàn)列表:

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