中國科學(xué)院生物物理研究所徐濤院士團隊、何順民研究員團隊牽頭的“女媧”中國人群基因組計劃發(fā)布了第六項成果，利用140多個國家和地區(qū)的8222例高深度全基因組測序數(shù)據(jù)，構(gòu)建了全球人群VNTR多態(tài)性遺傳圖譜（編者注：VNTR為可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列）。相關(guān)論文11月27日發(fā)表于《細(xì)胞-基因組學(xué)》（Cell Genomics）。

在人類基因組中，超過一半的區(qū)域由重復(fù)序列組成。這些重復(fù)序列在人類進(jìn)化過程中高度變化，極大地豐富了基因組的遺傳多樣性?？勺償?shù)目串聯(lián)重復(fù)序列又被稱為“小衛(wèi)星DNA”，是一類重復(fù)基序（motif）超過6 bp（base pair），重復(fù)次數(shù)通常在10-60次的DNA串聯(lián)序列。已有研究表明VNTR不僅可以通過長度擴增來增加患病風(fēng)險，其重復(fù)基序的變化也具備獨立的致病效應(yīng)。然而受限于樣本量、測序深度、人群多樣性及識別算法等因素，在已有的人群規(guī)模的基因組測序項目中，VNTR的遺傳研究還遠(yuǎn)遠(yuǎn)不足，導(dǎo)致了人類基因組中部分遺傳力的“缺失”。

研究發(fā)布的“女媧”VNTR多態(tài)性圖譜，完成了“女媧”基因組資源對人類基因組中主要重復(fù)序列元件的全覆蓋（ME，STR和VNTR），是系統(tǒng)解析重復(fù)序列元件變異的重要參考。該工作拓展了現(xiàn)有遺傳研究中重復(fù)序列元件變異規(guī)模，為我們理解重復(fù)序列元件在基因調(diào)控中的作用提供了新的視角，并為未來的臨床研究和基因型-表型關(guān)聯(lián)研究提供了重要參考。

此前，“女媧”基因組項目基于大規(guī)模人群全基因組測序數(shù)據(jù)，已經(jīng)發(fā)布和解析了人類基因組SNP、InDel變異圖譜，移動元件變異圖譜和微衛(wèi)星變異圖譜，并基于基因組中的近期正選擇及非編碼調(diào)控元件適應(yīng)性選擇，探討了其對人類表型和疾病演化的影響。

相關(guān)論文信息：https://doi.org/10.1016/j.xgen.2024.100699

來源：中國科學(xué)報