北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院張哲課題組與鄭鵬里課題組揭示平面細(xì)胞極性建立過(guò)程中核心復(fù)合物VANGL-PRICKLE相互作用的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)和潛在功能
細(xì)胞極性是指細(xì)胞內(nèi)呈現(xiàn)形態(tài)、結(jié)構(gòu)和功能上的不對(duì)稱(chēng)分布,包括頂端-基底極性(Apical-basal polarity)和平面細(xì)胞極性(Planar cell polarity,PCP)。平面細(xì)胞極性決定了生物個(gè)體中前后軸的形成,與多種生理過(guò)程相關(guān),如體毛和鱗片的定向生長(zhǎng)、纖毛的極性分布以及胚胎發(fā)育過(guò)程中細(xì)胞的會(huì)聚延伸(Convergent extension)、遷移和器官發(fā)生等。平面細(xì)胞極性的建立與細(xì)胞中兩個(gè)進(jìn)化上高度保守的核心蛋白質(zhì)復(fù)合物在細(xì)胞膜水平方向上的不對(duì)稱(chēng)分布相關(guān),包括在細(xì)胞膜近端分布的Van Gogh-like(Vangl)-Prickle(Pk)和在細(xì)胞膜遠(yuǎn)端分布的Fizzled(Fzd)-Dishevelled-like(Dvl)。此外,PCP核心復(fù)合物還包括在細(xì)胞膜兩側(cè)對(duì)稱(chēng)分布的Celsr,該蛋白在相鄰細(xì)胞間形成同源二聚體促進(jìn)細(xì)胞黏附并穩(wěn)定兩個(gè)復(fù)合物的極性定位(圖1)。
圖1 平面細(xì)胞極性復(fù)合物模式圖
目前的研究認(rèn)為,組織極性主要通過(guò)Wnt濃度梯度調(diào)控(圖2)。Fzd是Wnt信號(hào)通路的重要受體,在非經(jīng)典Wnt/PCP信號(hào)通路(Non-canonical Wnt/PCP signalling )中,F(xiàn)zd接收Wnt信號(hào)后激活下游信號(hào)通路,最終促進(jìn)細(xì)胞骨架的重組和形態(tài)變化,在調(diào)節(jié)細(xì)胞極性和促進(jìn)遷移中發(fā)揮關(guān)鍵作用(圖2)。圍繞Fzd的研究已有很多,但同為PCP核心復(fù)合物的Vangl-Pk卻鮮少受到關(guān)注,其結(jié)構(gòu)特征和在PCP中的具體功能仍然不明確。
圖2 非經(jīng)典Wnt/PCP信號(hào)通路
2025年1月3日,北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院張哲課題組和鄭鵬里課題組在Nature Communications發(fā)表了題為“Structural basis of human VANGL-PRICKLE interaction”的研究論文。該文章報(bào)道了兩個(gè)人源VANGL蛋白(VANGL1和VANGL2)以及它們與PK1蛋白的復(fù)合物結(jié)構(gòu)。結(jié)合生化和細(xì)胞成像實(shí)驗(yàn),這項(xiàng)研究闡明了VANGL和PK蛋白相互作用的分子機(jī)制以及潛在的生物學(xué)功能。
研究團(tuán)隊(duì)首先利用冷凍電鏡解析了人源VANGL1和VANGL2蛋白的高分辨率結(jié)構(gòu)。二者均組裝成具有D3對(duì)稱(chēng)性的六聚體,首先由單體組成緊密結(jié)合的三聚體,然后兩個(gè)三聚體的胞內(nèi)域通過(guò)進(jìn)一步相互作用形成六聚體(圖3)。
圖3 VANGL六聚體結(jié)構(gòu)及拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)圖:A. VANGL的六聚體結(jié)構(gòu);B. VANGL單體的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)和結(jié)構(gòu)域排列示意圖;C. VANGL三聚體的組裝方式;D. VANGL跨膜域(TM)通過(guò)TM2-TM4相互作用形成穩(wěn)定的三聚體結(jié)構(gòu);E. VANGL底部α螺旋束結(jié)構(gòu)域(HBD)通過(guò)相互作用形成了一個(gè)穩(wěn)固的三角形基底;F. VANGL三聚體二聚化界面
研究團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步解析了VANGL1-PK1復(fù)合物的冷凍電鏡結(jié)構(gòu),深入探究它們相互作用的分子機(jī)制。通過(guò)結(jié)構(gòu)分析,研究團(tuán)隊(duì)在VANGL1兩個(gè)三聚體的交界處發(fā)現(xiàn)了額外的電鏡密度,推測(cè)其可能來(lái)源于PK1蛋白(圖4 A, B)。但是,由于PK1與VANGL1的結(jié)合并不穩(wěn)定,僅僅依靠電鏡密度無(wú)法對(duì)PK1進(jìn)行結(jié)構(gòu)模型搭建。因此,作者利用多種手段繼續(xù)對(duì)二者的作用機(jī)制進(jìn)行探索。首先,突變分析確認(rèn)了VANGL1蛋白利用六聚體界面處的多個(gè)堿性氨基酸殘基與PK1互作(圖4 C, E)?;诖耍瑘F(tuán)隊(duì)推測(cè)PK1可能借助自身帶負(fù)電的酸性氨基酸殘基,通過(guò)靜電相互作用與VANGL結(jié)合。于是,研究團(tuán)隊(duì)通過(guò)系統(tǒng)的生化和結(jié)構(gòu)分析,并結(jié)合AlphaFold3預(yù)測(cè),最終定位到PK1蛋白中接近C端的46個(gè)氨基酸殘基片段PK1745-790(745—790位氨基酸殘基)在與VANGL的相互作用中發(fā)揮關(guān)鍵作用(圖4 D—F)。
為了闡釋VANGL-PK1復(fù)合物的生物學(xué)功能,研究團(tuán)隊(duì)比較了單獨(dú)的VANGL蛋白以及VANGL-PK1復(fù)合物在U2OS細(xì)胞內(nèi)的定位情況。結(jié)果顯示,VANGL單獨(dú)存在時(shí)主要定位于細(xì)胞內(nèi)的溶酶體和晚期內(nèi)體,而PK1可以定向?qū)y帶VANGL的囊泡募集到質(zhì)膜前端(圖4 G)。因此,研究團(tuán)隊(duì)指出,PK1除了作為VANGL的下游成員,負(fù)責(zé)招募其它PCP通路蛋白以外,還可能在VANGL的細(xì)胞內(nèi)運(yùn)輸以及質(zhì)膜定位方面發(fā)揮重要作用(圖4 H)。然而,具體的分子機(jī)制還有待進(jìn)一步研究。
這項(xiàng)工作首次揭示了VANGL蛋白的六聚體組裝方式,并闡明了VANGL-PK相互作用的分子機(jī)制和潛在功能。這為研究PCP的建立過(guò)程以及調(diào)控機(jī)制提供了新的視角和思路。
圖4 VANGL-PK1相互作用機(jī)制:A. VANGL1-PK1與VANGL1電鏡密度圖及結(jié)構(gòu)對(duì)比;B. PK1的電鏡密度位于VANGL1六聚體界面上富含正電荷的區(qū)域;C. VANGL1與PK1相互作用的10個(gè)堿性氨基酸殘基;D. PK1與VANGL相互作用區(qū)域示意圖;E. Pull-down實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證VANGL-PK1相互作用;F. VANGL-PK1745-790電鏡密度圖;G. VANGL1和VANGL1-PK1在U2OS細(xì)胞中的定位;H. VANGL-PK1復(fù)合物在細(xì)胞內(nèi)的組裝模式圖
張哲、鄭鵬里為本文共同通訊作者。北京大學(xué)前沿交叉學(xué)科研究院2022級(jí)博士生宋彥儀、生命科學(xué)學(xué)院2022級(jí)博士生簡(jiǎn)舒怡為本文共同第一作者。北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院教授滕俊琳為本研究提供了重要指導(dǎo)。此外,北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院公共儀器中心鳳凰工程蛋白質(zhì)平臺(tái)的胡君、北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院教授朱健、以及朱健實(shí)驗(yàn)室的副研究員劉敏和科研助理馮婧均對(duì)本研究作出重要貢獻(xiàn)。
本研究得到國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國(guó)家自然科學(xué)基金、生命科學(xué)聯(lián)合中心、膜生物學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、細(xì)胞增殖與分化教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院以及北京大學(xué)成都前沿交叉生物技術(shù)研究院創(chuàng)新基金的資助;并依托北京大學(xué)冷凍電鏡平臺(tái)和生命科學(xué)學(xué)院公共儀器中心鳳凰工程蛋白質(zhì)平臺(tái)的技術(shù)支持。
來(lái)源:北京大學(xué)


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