【三月班|現(xiàn)場】微生物組學數(shù)據(jù)分析與挖掘?qū)ｎ}培訓班（2025.3.12-14）

4月前發(fā)布在 培訓班

微生物存在于世界的各個角落。近年來，隨著測序技術(shù)的發(fā)展，對于微生物組學的研究持續(xù)火熱。與此同時，對技能的要求也是越來越高，尤其是數(shù)據(jù)庫建立、編程語言開發(fā)、繪圖工具使用技巧及算法模型選擇，成為廣大科研工作者面臨的具體問題。

本次生信培訓班分為四個階段

1、掌握必備的基礎(chǔ)知識

如微生物組研究現(xiàn)狀與應用、分析流程、方案設(shè)計以及Linux的常用操作和軟件安裝等。

2、掌握16S以及宏基因組數(shù)據(jù)分析結(jié)果及應用

深度剖析16S與宏基因組建庫測序原理及分析結(jié)果解讀，深度詮釋各個分析結(jié)果。

3、手把手帶你進行微生物組學數(shù)據(jù)的分析

包括微生物多樣性測序數(shù)據(jù)處理和宏基因組數(shù)據(jù)分析，如原始數(shù)據(jù)的質(zhì)控和拼接、OTU聚類、物種注釋、宏基因組數(shù)據(jù)的組裝、基因預測以及基于物種豐度、功能豐度表進行的有效信息的統(tǒng)計分析。

4、深度體驗微生物組大數(shù)據(jù)挖掘的奧秘

基于豐富的項目分析經(jīng)驗，針對不同研究目的，提供專業(yè)性分析方案及數(shù)據(jù)深度挖掘思路，并通過不同軟件進行結(jié)果可視化。

主辦單位：北京市計算中心有限公司

協(xié)辦單位：

北京市基因測序與功能分析工程技術(shù)研究中心

云計算關(guān)鍵技術(shù)與應用北京市重點實驗室

工業(yè)和信息化人才培養(yǎng)工程培訓基地

北京市大數(shù)據(jù)教學實踐基地

舉辦地：北京市海淀區(qū)豐賢中路7號北科產(chǎn)業(yè)3號樓；亦可聽取線上直播

課程安排：2025年3月12-14日（周三-周五）上9:30-11:30 ?下13:30-17:00

日期	主題	內(nèi)容	備注
第一天	微生物組學研究現(xiàn)狀及應用	1、微生物組學研究現(xiàn)狀及應用 2、微生物組實驗設(shè)計及測序原理 3、生物信息學背景知識分享	理論
	微生物組學數(shù)據(jù)分析上機基礎(chǔ)	1、Linux常用命令使用和上機操作 2、Linux環(huán)境下軟件安裝	理論+ 上機操作
	微生物多樣性數(shù)據(jù)分析	1、質(zhì)控流程：雙端序列合并、提取barcode、質(zhì)控、樣品拆分、切除引物 2、生成OTU：序列格式轉(zhuǎn)換、去冗余、聚類生成OTU 3、OTU篩選：嵌合體生成原理及去除方法、篩選細菌/真菌序列、生成代表性序列和OUT表 4、物種注釋及進化樹構(gòu)建 5、常用Alpha多樣性指數(shù)計算 6、常用Beta多樣性距離矩陣計算 7、統(tǒng)計分析 7.1、箱線圖展示Alpha多樣性及組間比較統(tǒng)計 7.2、散點圖展示樣品及組間主坐軸分析(PCA/PCoA/NMDS) 7.3、樣品與組間相關(guān)分析，并用熱圖可視化結(jié)果	演示+ 上機操作
第二天	宏基因組數(shù)據(jù)分析與結(jié)果解讀	1、宏基因組分析基本策略 2、數(shù)據(jù)質(zhì)量評估 3、數(shù)據(jù)質(zhì)量過濾 4、宿主污染過濾 5、數(shù)據(jù)組裝	理論
第二天	宏基因組數(shù)據(jù)分析與結(jié)果解讀	1、基因預測 2、物種注釋（MEGAN、Krona） 3、功能注釋（KEGG、eggNOG） 4、統(tǒng)計分析 4.1、樣本聚類分析（物種、功能、基因） 4.2、差異分析（物種、功能、基因）	演示+ 上機操作
第三天	R語言基礎(chǔ)	1.R語言概述及軟件安裝 2.拓展包package的安裝和幫助系統(tǒng)使用講解 3.數(shù)據(jù)表格的導入導出 4.常用的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)（重點介紹向量、數(shù)據(jù)框）的操作方法 5.編程中常用的控制語句（if判斷、for循環(huán)） 6.R語言中常用函數(shù)的使用及編寫 7.plot基礎(chǔ)繪圖	演示+ 上機操作
	數(shù)據(jù)挖掘與可視化實現(xiàn)	1、R繪圖功能在微生物組學信息分析中的應用韋恩圖、花瓣圖、散點圖、熱圖、盒形圖（箱線圖）等	演示+ 上機操作
	數(shù)據(jù)挖掘與可視化實現(xiàn)	1、網(wǎng)絡分析（Igraph） 2、差異物種分析LEfSe分析 3、KEGG和COG預測分析 4、進化分析ITOL 5、微生物溯源分析 6、微生物狀態(tài)轉(zhuǎn)移分析	演示+ 上機操作