本研習(xí)班上機(jī)實(shí)習(xí)課采用 “跟我學(xué)”方式，學(xué)習(xí)實(shí)踐各類基礎(chǔ)生物信息學(xué)軟件，每人一臺(tái)PC機(jī)跟著大屏幕一步步學(xué)會(huì)基因組、蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析的基本方法。

主要內(nèi)容如下：

上機(jī)實(shí)習(xí)：R語(yǔ)言數(shù)據(jù)分析與繪圖

介紹轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的基本流程及其原理；通過(guò)對(duì)tophat、cufflinks、R等轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析工具的介紹及演示，了解基于二代測(cè)序數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)錄組分析流程及常用分析方法；利用kegg、GOstat、DAVID等在線工具挖掘轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的生物學(xué)意義。

上機(jī)實(shí)習(xí)：醫(yī)療大數(shù)據(jù)機(jī)器模型的構(gòu)建

數(shù)據(jù)獲??；數(shù)據(jù)清洗；特征過(guò)程；模型選擇；模型訓(xùn)練；模型評(píng)估；模型部署

上機(jī)實(shí)習(xí)：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能分析

從數(shù)據(jù)庫(kù)搜索感興趣的蛋白質(zhì)氨基酸序列開始，接著對(duì)蛋白質(zhì)基本理化性質(zhì)、二級(jí)結(jié)構(gòu)、和三維空間結(jié)構(gòu)和序列模體進(jìn)行分析，預(yù)測(cè)目標(biāo)蛋白的生物功能。

上機(jī)實(shí)習(xí)：蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析

使用X！Tandem、Mascot、Sequest等軟件鑒定蛋白質(zhì)質(zhì)譜數(shù)據(jù)，將質(zhì)譜結(jié)果匹配到蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫(kù)鑒定蛋白；使用TPP軟件包進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析和優(yōu)化檢索結(jié)果練習(xí)。

上機(jī)實(shí)習(xí)：系統(tǒng)生物學(xué)軟件實(shí)習(xí)

利用Cytoscape系統(tǒng)生物學(xué)分析軟件，分析蛋白－蛋白相互作用，展示分子網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)，并與基因表達(dá)等數(shù)據(jù)整合。

上機(jī)實(shí)習(xí)：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實(shí)例

研究單個(gè)細(xì)胞內(nèi)的基因表達(dá)情況，解析單個(gè)細(xì)胞的行為、機(jī)制及其與機(jī)體的關(guān)系成為了現(xiàn)實(shí)。

上機(jī)實(shí)習(xí)：轉(zhuǎn)錄組與空間轉(zhuǎn)錄組整合分析

從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù)，從而解析單個(gè)組織切片中的所有mRNA，從而能夠定位和區(qū)分功能基因在特定組織區(qū)域內(nèi)的活躍表達(dá)。

1. 無(wú)生物信息學(xué)背景，希望了解生物信息學(xué)的學(xué)員；

2. 計(jì)劃開展各類組學(xué)研究的科研人員；

3. 已有組學(xué)數(shù)據(jù)需了解分析方法的研究人員；

4. 有志從事生物信息學(xué)相關(guān)工作的學(xué)生或者技術(shù)人員。

于 ?軍 ?研究員

中國(guó)基因組學(xué)研究奠基人之一

華大基因研究中心（中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所）的主要?jiǎng)?chuàng)始人之一

曾擔(dān)任國(guó)家科技部重大科學(xué)計(jì)劃轉(zhuǎn)錄組研究首席科學(xué)家。多年來(lái)致力于基因組學(xué)、生物信息學(xué)研究、推動(dòng)測(cè)序技術(shù)發(fā)展。1997年任職于美國(guó)華盛頓大學(xué)人類基因組研究中心，是早期參與人類基因組計(jì)劃的唯一華人科學(xué)家；1998年回國(guó)推動(dòng)了中國(guó)科學(xué)家參與人類基因組計(jì)劃。除了主持 “人類基因組計(jì)劃北京部分”，又先后主持了“中國(guó)雜交水稻基因組計(jì)劃”、“家蠶基因組計(jì)劃”、“雞基因組多態(tài)性研究計(jì)劃”、“中-沙椰棗基因組計(jì)劃”等多項(xiàng)大型基因組研究計(jì)劃。先后獲得2002年中國(guó)科學(xué)院“百人計(jì)劃”(海外杰出人才)、2002年度香港求是科技基金會(huì)“求是杰出科技成就獎(jiǎng)”、2002年《科學(xué)美國(guó)人》雜志評(píng)首屆“年度全球科研領(lǐng)袖”、2003年度“中國(guó)科學(xué)院杰出科技成就獎(jiǎng)”，2012年度“發(fā)展中國(guó)家科學(xué)院農(nóng)業(yè)獎(jiǎng)”。目前擔(dān)任Genes分子遺傳學(xué)和基因組學(xué)專欄 (Section: ‘Molecular Genetics and Genomics’) 的客座編輯。

胡松年 ?研究員

中國(guó)科學(xué)院微生物研究所研究員

曾擔(dān)任中國(guó)科學(xué)院遺傳與發(fā)育研究所人類基因組中心總工程師，并作為主要負(fù)責(zé)人參與和完成了國(guó)際人類基因組計(jì)劃（Human Genome Project）中國(guó)卷測(cè)序項(xiàng)目。開發(fā)基于單細(xì)菌水平的宏基因組檢測(cè)技術(shù)與新型建庫(kù)技術(shù)，為宏基因組研究提供精準(zhǔn)采樣與檢測(cè)的實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)；開發(fā)對(duì)于整體代謝調(diào)控網(wǎng)絡(luò)、微生物群落進(jìn)化與疾病表型關(guān)系的分析工具，為精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的應(yīng)用提供分析手段。圍繞微生物組學(xué)研究與動(dòng)、植物、人體多組學(xué)數(shù)據(jù)，構(gòu)建全息組學(xué)研究平臺(tái)，對(duì)不同樣本提供前期收集、實(shí)驗(yàn)流程的質(zhì)控方法，進(jìn)而能夠?qū)﹂L(zhǎng)期樣本進(jìn)行橫/縱向比較。對(duì)微生物重要基因及功能元件進(jìn)行鑒定與挖掘，分析微生物基因組元件的進(jìn)化與傳遞機(jī)制特征，預(yù)測(cè)新功能元件，為合成生物學(xué)、微生物組、基因組編輯等提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。

楊 ?軍 教授

教育部新世紀(jì)優(yōu)秀人才支持計(jì)劃入選者

浙江省“151”人才第二層次入選者、

主要研究通過(guò)分子生物學(xué)、系統(tǒng)生物學(xué)技術(shù)研究化學(xué)損傷，尤其是DNA損傷應(yīng)激的分子機(jī)制。已發(fā)表研究論文150余篇，其中SCI論文100余篇。主持國(guó)家重點(diǎn)基礎(chǔ)研究計(jì)劃（973）子課題1項(xiàng)、國(guó)家高技術(shù)研究發(fā)展規(guī)劃項(xiàng)目（863）1項(xiàng)、科技部國(guó)際科技合作專項(xiàng)1項(xiàng)、國(guó)家自然科學(xué)基金7項(xiàng)及其他省部級(jí)項(xiàng)目多項(xiàng)。擔(dān)任國(guó)際環(huán)境誘變劑學(xué)會(huì)（IAEMSG）、亞洲環(huán)境誘變劑學(xué)會(huì)（AAEMS）理事，中國(guó)環(huán)境誘變劑學(xué)會(huì)副秘書長(zhǎng)、常務(wù)理事，致突變專委會(huì)主任委員，外事工作委員會(huì)主任委員，浙江省毒理學(xué)會(huì)副理事長(zhǎng)。

鐘伯雄 ?教授

浙江大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院教授

開展了家蠶絲腺蛋白質(zhì)組、以及與野蠶后部絲腺的比較蛋白質(zhì)組學(xué)研究，發(fā)現(xiàn)蠶繭優(yōu)質(zhì)高產(chǎn)主要是核糖體蛋白代謝通路提高；（2）開展了蛋白翻譯后修飾研究，明確了與蠶繭優(yōu)質(zhì)高產(chǎn)相關(guān)的蛋白質(zhì)磷酸化特征；（3）建立了高效轉(zhuǎn)基因方法，采用TALEN技術(shù)在家蠶胚胎時(shí)期成功獲得基因定點(diǎn)插入研究結(jié)果、采用CRISPR-Cas9技術(shù)成功突變家蠶重要功能基因，獲得穩(wěn)定遺傳突變品種（4）開展了micRNA研究工作，揭示了家蠶絲腺micRNA表達(dá)特征。（5）開展了家蠶生物反應(yīng)器研究，獲得了機(jī)械性能優(yōu)良的家蠶蜘蛛復(fù)合絲新材料。在JPR、BMC Genomics、IBMB、遺傳學(xué)報(bào)、蠶業(yè)科學(xué)等國(guó)內(nèi)外雜志發(fā)表相關(guān)論文160多篇。

陳 ?銘 教授

浙江大學(xué)生物信息學(xué)學(xué)科帶頭人

擔(dān)任浙江省生物信息學(xué)學(xué)會(huì)理事長(zhǎng)

長(zhǎng)期從事生物信息學(xué)與系統(tǒng)生物學(xué)方面的科教工作，致力于組學(xué)大數(shù)據(jù)整合與挖掘，非編碼RNA生物信息學(xué)研究、生物網(wǎng)絡(luò)建模分析以及精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)方面的科學(xué)研究。共發(fā)表學(xué)術(shù)論文200余篇，Google Scholar H指數(shù)43。現(xiàn)曾擔(dān)任中國(guó)系統(tǒng)仿真學(xué)會(huì)生命系統(tǒng)建模仿真專業(yè)委員會(huì)副主任委員、中國(guó)運(yùn)籌學(xué)會(huì)計(jì)算系統(tǒng)生物學(xué)分會(huì)理事會(huì)常務(wù)理事、中國(guó)細(xì)胞生物學(xué)學(xué)會(huì)功能基因組信息學(xué)與系統(tǒng)生物學(xué)分會(huì)理事、中國(guó)醫(yī)藥生物技術(shù)協(xié)會(huì)生物醫(yī)學(xué)信息技術(shù)分會(huì)委員會(huì)委員；教育部“新世紀(jì)優(yōu)秀人才”，浙江省“151人才工程”第一層次。

徐建紅 教授

浙江大學(xué)作物科學(xué)研究所副所長(zhǎng)，博士生導(dǎo)師

浙江省作物種質(zhì)資源重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室副主任

主要從事植物分子生物學(xué)與基因組學(xué)研究，主要的研究方向是基于大數(shù)據(jù)與基因編輯技術(shù)在基因表達(dá)的表觀調(diào)控(DNA甲基化和miRNA)，種子品質(zhì)性狀形成的分子機(jī)理，作物轉(zhuǎn)座子分子標(biāo)記的開發(fā)與轉(zhuǎn)座機(jī)理研究以及水稻溫敏不育系的選育與育性轉(zhuǎn)育機(jī)理和基因與基因組的分子進(jìn)化等。主要研究?jī)?nèi)容已在PNAS、Genome Research、Molecular Biology and Evolution、PLoS Genetics、Molecular Plant、Plant Journal、Plant Biotechnology Journal等高質(zhì)量期刊上發(fā)表。

谷紅倉(cāng) 研究員

中科院合肥研究院健康與醫(yī)學(xué)技術(shù)研究所二級(jí)研究員，博士生導(dǎo)師

2004年博士畢業(yè)于美國(guó)肯塔基大學(xué)；2004年8月至2006年7月在哈佛大學(xué)醫(yī)學(xué)院病理系從事博士后工作；2006年7月加入哈佛大學(xué)&麻省理工學(xué)院博德研究院(The Broad Institute of Harvard and MIT)任研究員I；2013年7月晉升為研究員ll并任職至2018年6月。谷紅倉(cāng)博士在2018年7月到2020年6月期間參加由美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳專家委員會(huì)(American Board of Medical Genetics and Genomics, ABMGG)與美國(guó)俄克拉荷馬大學(xué)醫(yī)學(xué)院聯(lián)合舉辦醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)?？瀑Y質(zhì)培訓(xùn) , 現(xiàn)為ABMGG執(zhí)業(yè)專家。自2018年7月至今，兼職于哈佛大學(xué)＆麻省理工學(xué)院博德研究院任客座研究員。2020年10月加入中科院合肥研究院。

證書發(fā)放

收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)

4800/人（含教材，轉(zhuǎn)賬、刷卡、支付寶）

戶 ? ?名：浙江大學(xué)

帳 ? ?號(hào)：19042201040000014

開戶銀行：農(nóng)行杭州市浙大支行紫金港分理處 ?（匯單上務(wù)必寫上：培訓(xùn)上機(jī)號(hào)）

培訓(xùn)發(fā)票由浙江大學(xué)計(jì)財(cái)處開具電子票據(jù)。

住宿可統(tǒng)一安排，費(fèi)用自理。

因本課程天數(shù)較多，報(bào)名學(xué)員因故缺席部分課程，可聯(lián)系會(huì)務(wù)組在后續(xù)培訓(xùn)班中免費(fèi)旁聽。

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