DNA測(cè)序已成為癌癥分子診斷的主流手段，但其在基因融合檢測(cè)和剪接突變?cè)u(píng)估方面存在局限。近日，《自然醫(yī)學(xué)》（Nature Medicine）發(fā)表了一項(xiàng)來(lái)自加拿大多倫多兒童醫(yī)院（Hospital for Sick Children）的重磅研究，證實(shí)靶向RNA測(cè)序能夠顯著提升臨床可操作突變的檢出率，在許多DNA測(cè)序“未能發(fā)現(xiàn)”或“無(wú)臨床價(jià)值”的腫瘤樣本中提供了決定性診斷信息。

研究涵蓋超過(guò)兩千例腫瘤，RNA-seq成功率高達(dá)99.6%

該研究共分析了來(lái)自2,310例腫瘤的樣本，涵蓋中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤、實(shí)體瘤以及血液系統(tǒng)腫瘤。盡管其中有4.8%的樣本因RNA質(zhì)量不合格未能通過(guò)質(zhì)控，剩余樣本中RNA測(cè)序的成功率高達(dá)99.6%，顯示出該方法在臨床實(shí)踐中的高可行性。

研究發(fā)現(xiàn)，74%的樣本檢測(cè)到致癌突變，另有13%被判定為“相關(guān)陰性”（即明確不攜帶特定可操作變異），總臨床有效率達(dá)到87%。

RNA-seq發(fā)現(xiàn)大量融合基因，兒童更常見(jiàn)

在陽(yáng)性樣本中：

• 40%為單核苷酸變異（SNV）或小片段插入/缺失（indel）；

• 32%為基因融合事件；

• 2.5%為其他結(jié)構(gòu)變異；

• 5%攜帶多種變異類型。

值得注意的是，兒童腫瘤中融合事件的發(fā)生率是成人的1.8倍，而SNV在成人中更常見(jiàn)（高出1.6倍），提示RNA-seq對(duì)于兒童腫瘤尤其具有臨床價(jià)值。

與DNA測(cè)序高度互補(bǔ)，帶來(lái)重要重新診斷

在103例已進(jìn)行DNA測(cè)序的樣本中，RNA測(cè)序識(shí)別出93.3%的致癌突變，兩者在變異等位基因頻率上的相關(guān)性也非常強(qiáng)，體現(xiàn)了技術(shù)的一致性與互補(bǔ)性。

在以診斷為目的的樣本中，37例獲得了全新診斷（約占可評(píng)估樣本的1.9%），另有11例因缺失或發(fā)現(xiàn)了關(guān)鍵突變而被重新分類。其中，中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤占據(jù)30例，例如：

• 有13例室管膜瘤被RNA-seq重分類為神經(jīng)膠質(zhì)瘤、星形母細(xì)胞瘤或副神經(jīng)節(jié)瘤；

• 7例低級(jí)別膠質(zhì)瘤被重新診斷為H3 K27突變的彌漫性中線膠質(zhì)瘤；

• 一例原被診斷為轉(zhuǎn)移性Wilms瘤的實(shí)體瘤，經(jīng)RNA-seq檢測(cè)出BCOR串聯(lián)重復(fù)突變，被改診為腎透明細(xì)胞肉瘤；

• 一例先前融合基因檢測(cè)陰性的腫瘤，經(jīng)RNA-seq發(fā)現(xiàn)經(jīng)典COL1A1::PDGFB融合，被確診為皮膚纖維肉瘤樣瘤（DFSP）。

此外，還有8例腫瘤雖未發(fā)現(xiàn)新突變，但因排除了原組織學(xué)診斷所需的關(guān)鍵分子特征，從而推動(dòng)重新評(píng)估診斷。

RNA-seq指導(dǎo)治療決策，推動(dòng)精準(zhǔn)醫(yī)療落地

在104名考慮接受靶向治療的患者中，有94人根據(jù)RNA-seq結(jié)果獲得個(gè)體化治療，治療手段包括MAPK通路抑制劑、酪氨酸激酶抑制劑和免疫檢查點(diǎn)抑制劑等。

研究指出，在由融合驅(qū)動(dòng)的腫瘤中，86%的病例僅憑融合事件即可解釋腫瘤發(fā)生機(jī)制，顯示RNA-seq在這類腫瘤中具有獨(dú)特優(yōu)勢(shì)。更令人鼓舞的是，該技術(shù)對(duì)各種樣本來(lái)源均適用，即便是質(zhì)量較差的FFPE組織也可獲得可靠結(jié)果。

結(jié)論：RNA-seq可作為一線分子診斷工具

研究團(tuán)隊(duì)認(rèn)為，靶向RNA測(cè)序不僅是對(duì)現(xiàn)有DNA方法的重要補(bǔ)充，未來(lái)更可作為獨(dú)立、性價(jià)比高、適用廣泛的一線分子診斷工具。特別在兒童腫瘤、融合基因識(shí)別、難解診斷等情境中，RNA-seq的臨床價(jià)值不容忽視。

參考文獻(xiàn)：Robert Siddaway et al, Clinical utility of targeted RNA sequencing in cancer molecular diagnostics,?Nature Medicine?(2025).?DOI: 10.1038/s41591-025-03848-8

編輯：王洪

排版：李麗