歡迎各位來到“circRNA研究報道匯總”欄目，本期從pubmed中檢索收集最新發(fā)布的circRNA文獻25篇，下面我們一起來看看circRNA研究有哪些新進展。

1、環(huán)形RNA在人類造血細胞中細胞特異性地廣泛表達

論文標題：Circular RNA expression in human hematopoietic cells is widespread and cell-type specific

雜志：Nucleic Acids Res
影響因子：11.561

通訊作者單位：阿姆斯特丹大學

人骨髓具有強大的血細胞生成能力，根據(jù)統(tǒng)計，在穩(wěn)態(tài)下，骨髓每小時可生成10的10次方個紅細胞和10的9次方個白細胞，通常狀況下，正常個體血細胞數(shù)量維持在一個固定范圍，但個體在應急狀態(tài)下通過骨髓強大的造血能力可獲得大量的血細胞。血細胞生成過程中，受嚴格的基因調(diào)控，circRNA是否在該過程發(fā)揮重要作用呢？阿姆斯特丹大學的研究者利用在線數(shù)據(jù)庫的相關數(shù)據(jù)，對人原代造血細胞的轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)進行了深入的分析，發(fā)現(xiàn)circRNA在人造血祖細胞和其分化后的淋系與髓系細胞中，具有廣泛表達和細胞類型特異性的表達模式和特性，circRNA表達水平隨著血細胞成熟過程不斷上調(diào)，不同circRNA剪接異構(gòu)體具有明顯的細胞類型特異性，血小板和紅細胞中存在circRNA且含量最高，上述分析結(jié)果其實很好地提示了circRNA在造血細胞分化過程中可能扮演重要作用，為后續(xù)的circRNA在人造血細胞分化成熟過程中的功能機制研究提供了很好的線索。該文詳細解讀請參考本公眾號歷史文章：CircRNA廣泛表達在人造血細胞中，并具有細胞類型特異性

圖注：研究者利用CE和DCC兩種工具分析造血細胞RNA-seq數(shù)據(jù)共同鑒定出4103個circRNA分子，并進行了RT-PCR驗證，其中13個新發(fā)現(xiàn)的circRNA耐受RNAse R酶的消化。

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2、環(huán)狀DNA病毒基因可生成環(huán)形RNA

論文標題：Circular DNA tumor viruses make circular RNAs

雜志：PNAS
影響因子：9.504

通訊作者單位：匹茲堡大學

該研究首次報道在EBV和KSHV兩種DNA病毒基因組中可轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生病毒來源的circRNA分子，EBV病毒中主要發(fā)現(xiàn)了BART基因區(qū)產(chǎn)生的外顯子組成circRNA和同時攜帶外顯子和內(nèi)含子序列的circRNA，分別定位在細胞質(zhì)和細胞核中。KSHV病毒的IRF4和PAN基因均可產(chǎn)生circRNA，進一步分析發(fā)現(xiàn)，這些circRNA可能具備翻譯蛋白的能力。病毒基因組可產(chǎn)生circRNA為circRNA的研究又打開了一扇大門，還有很多研究方向和機會值得大家去探索挖掘，比如我們在“環(huán)狀DNA病毒基因可生成環(huán)狀RNA”這篇文章的解讀中提到的：

??這些病毒基因組來源的circRNA是通過什么機制形成的？反向互補序列還是RNA結(jié)合蛋白介導？內(nèi)含子被保留的原因和機制是什么？

??這些circRNA的功能和作用機制是怎樣的？是否與來源的基因（host gene）的功能更有一定關系？與病毒的潛伏狀態(tài)或疾病的進程有什么關系？這些病毒來源的circRNA對腫瘤的作用是怎樣的？在未感染相關病毒的細胞中過表達這些circRNA分子會有什么效應？……

??病毒基因來源的circRNA是否具有普遍性？其他類型病毒是否也有類似的產(chǎn)生circRNA的現(xiàn)象？其它物種中是否也存在類似的現(xiàn)象？這些circRNA是否是進化選擇的結(jié)果？

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圖注：EBV病毒基因BART來源的circRNA分子結(jié)構(gòu)意圖

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3、微陣列芯片分析hsa_circ_0064428可作為肝細胞癌潛在的免疫相關預后生物

論文標題：Global microarray profiling identified hsa_circ_0064428 as a potential

雜志：J Med Genet
影響因子：5.751

通訊作者單位：溫州醫(yī)科大學附屬第五醫(yī)院

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腫瘤微環(huán)境和免疫狀態(tài)跟腫瘤轉(zhuǎn)移侵襲密切相關，腫瘤浸潤淋巴細胞(TILs）作為存在于腫瘤細胞周圍的一種淋巴細胞類型，是腫瘤免疫反應的關鍵指標，大量研究表明CD4 +和CD8 + TIL細胞比例上調(diào)可提高肝癌切除后的OS和延遲復發(fā)時間，改善肝癌臨床預后。該研究利用circRNA芯片技術考察了肝癌患者高/低比例TILs樣本中circRNA表達譜的變化情況，發(fā)現(xiàn)hsa_circ_0064428的高表達水平與肝癌患者的TILs低比例、患者的低存活率、腫瘤體積大和發(fā)生轉(zhuǎn)移成相關，即hsa_circ_0064428高表達HCC患者臨床預后不良。從腫瘤免疫反應角度解讀circRNA在肝癌預后中的作用，是本文的研究亮點，研究思路也清晰明了。

圖注：Kaplan-Meier生存曲線分析表明hsa_circ_0064428可作為HCC獨立的預后生物標志物

4、基于腺相關病毒載體實現(xiàn)體內(nèi)circRNA表達和翻譯蛋白

論文標題：?Tissue-dependent expression and translation of circular RNAs with recombinant AAV vectors in vivo

雜志：Molecular Therapy: Nucleic Acid
影響因子：5.66

通訊作者單位：北卡羅來納大學

目前circRNA相關的過表達和敲低研究時，大部分采用慢病毒進行包裝。慢病毒載體可插入基因組，形成穩(wěn)定表達，表達周期長，且穩(wěn)定遺傳，比較適合用于腫瘤細胞的穩(wěn)轉(zhuǎn)株建立。但慢病毒感染宿主細胞時隨機插入整合到基因組可能帶來對脆弱細胞的損傷，影響部分細胞增殖能力，插入外源片段對病毒滴度也有影響。腺相關病毒在基因插入和滴度方面卻有自己的優(yōu)勢，因此，該研究開發(fā)了一種基于腺相關病毒載體（rAAV）的體內(nèi)表達circRNA并實現(xiàn)翻譯蛋白的載體工具，為circRNA的研究又提供了新的武器，具體技術細節(jié)可參考本公眾號歷史文章：基于腺相關病毒載體實現(xiàn)體內(nèi)circRNA表達和翻譯蛋白。

圖注：circRNA的AAV腺相關病毒載體構(gòu)建示意圖

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