歡迎各位來到“circRNA研究報(bào)道匯總”欄目，本期從pubmed中檢索收集最新發(fā)布的circRNA文獻(xiàn)25篇，下面我們一起來看看circRNA研究有哪些新進(jìn)展。

1、環(huán)形RNA在人類造血細(xì)胞中細(xì)胞特異性地廣泛表達(dá)

論文標(biāo)題：Circular RNA expression in human hematopoietic cells is widespread and cell-type specific

雜志：Nucleic Acids Res
影響因子：11.561

通訊作者單位：阿姆斯特丹大學(xué)

人骨髓具有強(qiáng)大的血細(xì)胞生成能力，根據(jù)統(tǒng)計(jì)，在穩(wěn)態(tài)下，骨髓每小時(shí)可生成10的10次方個(gè)紅細(xì)胞和10的9次方個(gè)白細(xì)胞，通常狀況下，正常個(gè)體血細(xì)胞數(shù)量維持在一個(gè)固定范圍，但個(gè)體在應(yīng)急狀態(tài)下通過骨髓強(qiáng)大的造血能力可獲得大量的血細(xì)胞。血細(xì)胞生成過程中，受嚴(yán)格的基因調(diào)控，circRNA是否在該過程發(fā)揮重要作用呢？阿姆斯特丹大學(xué)的研究者利用在線數(shù)據(jù)庫的相關(guān)數(shù)據(jù)，對(duì)人原代造血細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行了深入的分析，發(fā)現(xiàn)circRNA在人造血祖細(xì)胞和其分化后的淋系與髓系細(xì)胞中，具有廣泛表達(dá)和細(xì)胞類型特異性的表達(dá)模式和特性，circRNA表達(dá)水平隨著血細(xì)胞成熟過程不斷上調(diào)，不同circRNA剪接異構(gòu)體具有明顯的細(xì)胞類型特異性，血小板和紅細(xì)胞中存在circRNA且含量最高，上述分析結(jié)果其實(shí)很好地提示了circRNA在造血細(xì)胞分化過程中可能扮演重要作用，為后續(xù)的circRNA在人造血細(xì)胞分化成熟過程中的功能機(jī)制研究提供了很好的線索。該文詳細(xì)解讀請(qǐng)參考本公眾號(hào)歷史文章：CircRNA廣泛表達(dá)在人造血細(xì)胞中，并具有細(xì)胞類型特異性

圖注：研究者利用CE和DCC兩種工具分析造血細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)共同鑒定出4103個(gè)circRNA分子，并進(jìn)行了RT-PCR驗(yàn)證，其中13個(gè)新發(fā)現(xiàn)的circRNA耐受RNAse R酶的消化。

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2、環(huán)狀DNA病毒基因可生成環(huán)形RNA

論文標(biāo)題：Circular DNA tumor viruses make circular RNAs

雜志：PNAS
影響因子：9.504

通訊作者單位：匹茲堡大學(xué)

該研究首次報(bào)道在EBV和KSHV兩種DNA病毒基因組中可轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生病毒來源的circRNA分子，EBV病毒中主要發(fā)現(xiàn)了BART基因區(qū)產(chǎn)生的外顯子組成circRNA和同時(shí)攜帶外顯子和內(nèi)含子序列的circRNA，分別定位在細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核中。KSHV病毒的IRF4和PAN基因均可產(chǎn)生circRNA，進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)，這些circRNA可能具備翻譯蛋白的能力。病毒基因組可產(chǎn)生circRNA為circRNA的研究又打開了一扇大門，還有很多研究方向和機(jī)會(huì)值得大家去探索挖掘，比如我們?cè)?b>“環(huán)狀DNA病毒基因可生成環(huán)狀RNA”這篇文章的解讀中提到的：

??這些病毒基因組來源的circRNA是通過什么機(jī)制形成的？反向互補(bǔ)序列還是RNA結(jié)合蛋白介導(dǎo)？內(nèi)含子被保留的原因和機(jī)制是什么？

??這些circRNA的功能和作用機(jī)制是怎樣的？是否與來源的基因（host gene）的功能更有一定關(guān)系？與病毒的潛伏狀態(tài)或疾病的進(jìn)程有什么關(guān)系？這些病毒來源的circRNA對(duì)腫瘤的作用是怎樣的？在未感染相關(guān)病毒的細(xì)胞中過表達(dá)這些circRNA分子會(huì)有什么效應(yīng)？……

??病毒基因來源的circRNA是否具有普遍性？其他類型病毒是否也有類似的產(chǎn)生circRNA的現(xiàn)象？其它物種中是否也存在類似的現(xiàn)象？這些circRNA是否是進(jìn)化選擇的結(jié)果？

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圖注：EBV病毒基因BART來源的circRNA分子結(jié)構(gòu)意圖

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3、微陣列芯片分析hsa_circ_0064428可作為肝細(xì)胞癌潛在的免疫相關(guān)預(yù)后生物

論文標(biāo)題：Global microarray profiling identified hsa_circ_0064428 as a potential

雜志：J Med Genet
影響因子：5.751

通訊作者單位：溫州醫(yī)科大學(xué)附屬第五醫(yī)院

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腫瘤微環(huán)境和免疫狀態(tài)跟腫瘤轉(zhuǎn)移侵襲密切相關(guān)，腫瘤浸潤淋巴細(xì)胞(TILs）作為存在于腫瘤細(xì)胞周圍的一種淋巴細(xì)胞類型，是腫瘤免疫反應(yīng)的關(guān)鍵指標(biāo)，大量研究表明CD4 +和CD8 + TIL細(xì)胞比例上調(diào)可提高肝癌切除后的OS和延遲復(fù)發(fā)時(shí)間，改善肝癌臨床預(yù)后。該研究利用circRNA芯片技術(shù)考察了肝癌患者高/低比例TILs樣本中circRNA表達(dá)譜的變化情況，發(fā)現(xiàn)hsa_circ_0064428的高表達(dá)水平與肝癌患者的TILs低比例、患者的低存活率、腫瘤體積大和發(fā)生轉(zhuǎn)移成相關(guān)，即hsa_circ_0064428高表達(dá)HCC患者臨床預(yù)后不良。從腫瘤免疫反應(yīng)角度解讀circRNA在肝癌預(yù)后中的作用，是本文的研究亮點(diǎn)，研究思路也清晰明了。

圖注：Kaplan-Meier生存曲線分析表明hsa_circ_0064428可作為HCC獨(dú)立的預(yù)后生物標(biāo)志物

4、基于腺相關(guān)病毒載體實(shí)現(xiàn)體內(nèi)circRNA表達(dá)和翻譯蛋白

論文標(biāo)題：?Tissue-dependent expression and translation of circular RNAs with recombinant AAV vectors in vivo

雜志：Molecular Therapy: Nucleic Acid
影響因子：5.66

通訊作者單位：北卡羅來納大學(xué)

目前circRNA相關(guān)的過表達(dá)和敲低研究時(shí)，大部分采用慢病毒進(jìn)行包裝。慢病毒載體可插入基因組，形成穩(wěn)定表達(dá)，表達(dá)周期長，且穩(wěn)定遺傳，比較適合用于腫瘤細(xì)胞的穩(wěn)轉(zhuǎn)株建立。但慢病毒感染宿主細(xì)胞時(shí)隨機(jī)插入整合到基因組可能帶來對(duì)脆弱細(xì)胞的損傷，影響部分細(xì)胞增殖能力，插入外源片段對(duì)病毒滴度也有影響。腺相關(guān)病毒在基因插入和滴度方面卻有自己的優(yōu)勢(shì)，因此，該研究開發(fā)了一種基于腺相關(guān)病毒載體（rAAV）的體內(nèi)表達(dá)circRNA并實(shí)現(xiàn)翻譯蛋白的載體工具，為circRNA的研究又提供了新的武器，具體技術(shù)細(xì)節(jié)可參考本公眾號(hào)歷史文章：基于腺相關(guān)病毒載體實(shí)現(xiàn)體內(nèi)circRNA表達(dá)和翻譯蛋白。

圖注：circRNA的AAV腺相關(guān)病毒載體構(gòu)建示意圖

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