5月28日，《中國(guó)疾病預(yù)防控制中心周報(bào)（China CDC Weekly）》在線(xiàn)報(bào)告了內(nèi)地首例輸入性新型冠狀病毒關(guān)注變體（VOC）奧密克戎變異株BA.5(Omicron subvariant BA.5)的測(cè)序結(jié)果。該變異株采用華大智造DNBSEQ平臺(tái)MGISEQ-200RS進(jìn)行測(cè)序，基因分型顯示與南非上傳的一個(gè)序列（GISAID ID：EPI_ISL_12713186）密切相關(guān)。目前BA.5變異株已傳播至全球19個(gè)國(guó)家（共2,614個(gè)序列提交給GISAID），暫無(wú)詳細(xì)數(shù)據(jù)報(bào)道其對(duì)公共衛(wèi)生的影響，需要持續(xù)監(jiān)測(cè)和評(píng)估以進(jìn)一步闡明其特點(diǎn)和影響。
首次輸入內(nèi)地，Omicron BA.5序列獲破譯2022年4月27日，從荷蘭阿姆斯特丹起飛的KL857國(guó)際航班抵達(dá)上海市浦東國(guó)際機(jī)場(chǎng)，在常規(guī)隔離過(guò)程中一名乘客被報(bào)告為新冠核酸檢測(cè)陽(yáng)性并被診斷為輕癥病例，并于5月13日使用華大智造MGISEQ-200RS進(jìn)行測(cè)序。基因分型分析顯示患者感染了新型冠狀病毒關(guān)注變體奧密克戎變異株BA.5(VOC/Omicron BA.5)，與南非上傳的一個(gè)序列（GISAID ID：EPI_ISL_12713186）密切相關(guān)（圖1），有34個(gè)非同義突變發(fā)生在與BA.5的特征匹配的刺突基因中。
? ??圖1 SARS-CoV-2多個(gè)譜系的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。導(dǎo)入的VOC/Omicron (BA.5)用箭頭突出顯示。右側(cè)顯示了其他不同顏色的Omicron亞系Omicron BA.5更加嚴(yán)重？證據(jù)不足仍需持續(xù)監(jiān)測(cè)！目前Omicron VOC是全球流行的主要新冠變體，在Omicron譜系中BA.2及其后代譜系（名為BA.2.X的合并譜系）是主要變體（圖2）。Omicron BA.5的序列于2022年3月15日首次上傳到GISAID，樣本來(lái)自2月25日在南非收集的患者鼻咽和口咽拭子。根據(jù)世衛(wèi)組織新冠每周流行病學(xué)進(jìn)展報(bào)告（2022年5月25日），BA.2.X、BA.4和BA.5的相對(duì)比例分別為94%、0.8%和1%。BA.4、BA.5和BA.2.12.1都在刺突區(qū)域和基因座S：L452具有特征性突變，在首次檢測(cè)到它們的國(guó)家中的流行率有所增加。BA.4與BA.5最近幾周在南非的流行率有所上升，并已在3個(gè)月內(nèi)傳播到包括葡萄牙、美國(guó)在內(nèi)的另外19個(gè)國(guó)家（地區(qū)）。根據(jù)目前可用的數(shù)據(jù)，BA.4、BA.5和BA.2.12.1在曾發(fā)生BA.1流行的國(guó)家傳播得更快；而在BA.2流行的國(guó)家發(fā)生病例較少，每個(gè)國(guó)家的疫苗接種程度也可能影響這些新興的Omicron后代譜系。鑒于缺乏闡明表型差異的變化（例如嚴(yán)重程度）的證據(jù)，包括BA.5在內(nèi)的所有Omicron后代譜系需要繼續(xù)在Omicron VOC的體系下進(jìn)行追蹤。圖2 截至2022年5月23日，按姐妹譜系劃分的Omicron序列數(shù)量**Omicron 姐妹譜系包括 Omicron 譜系 BA.1 和名為 BA.1.X、BA.2 的合并后裔譜系以及名為 BA.2.X、BA.3、BA.4 和 BA.5 的所有合并后裔譜系。資料來(lái)源：來(lái)自 GISAID 的 SARS-CoV-2 序列數(shù)據(jù)和元數(shù)據(jù)，于 2022 年 5 月 23 日歐洲中部時(shí)間 10 點(diǎn)從 GISAID 中提取。基于DNBSEQ技術(shù)的靶向測(cè)序，新冠VOC監(jiān)測(cè)組合拳實(shí)時(shí)關(guān)注新冠病毒VOC序列變化情況，并與流調(diào)數(shù)據(jù)結(jié)合評(píng)估毒力或臨床表現(xiàn)的改變，能夠?yàn)楣残l(wèi)生及社會(huì)防疫措施，或疫苗、臨床治療有效性提供指導(dǎo)。華大智造基于DNBSEQ技術(shù)的靶向測(cè)序平臺(tái)，滿(mǎn)足現(xiàn)有所有新冠VOC和VOI毒株的檢測(cè)需求，最快能在11個(gè)小時(shí)完成從樣本到數(shù)據(jù)分析（全基因組比對(duì)、變異信息、毒株分型分析）的全流程。圖3 基于DNBSEQ的新冠病毒靶向測(cè)序一站式平臺(tái)華大智造ATOPlex V3.1 RNA多重PCR建庫(kù)測(cè)序試盒，采用雙保險(xiǎn)引物降低由于突變導(dǎo)致的擴(kuò)增失敗的風(fēng)險(xiǎn)，同時(shí)超短擴(kuò)增子設(shè)計(jì)（180bp），提高了在臨床樣本、環(huán)境樣本（核酸降解風(fēng)險(xiǎn)高）的檢出能力，可以從10拷貝病毒中獲取全基因組數(shù)據(jù)，最大可能還原完整基因組序列。圖4 ATOPlex V3.1 RNA多重PCR建庫(kù)測(cè)序試盒引物特點(diǎn)新冠病毒靶向擴(kuò)增后進(jìn)行測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建，通過(guò)華大智造MGISEQ-200RS或DNBSEQ-E5RS測(cè)序儀完成測(cè)序。其中DNBSEQ-E5RS使用快速測(cè)序耗材，進(jìn)行SE100測(cè)序，可在3.5小時(shí)內(nèi)完成從DNB加載至FASTQ文件輸出的全流程，并維持與常規(guī)測(cè)序耗材相當(dāng)?shù)臄?shù)據(jù)產(chǎn)出及數(shù)據(jù)質(zhì)量。圖5 適用于微生物測(cè)序的DNBSEQ測(cè)序平臺(tái)推薦華大智造基于DNBSEQ技術(shù)的新冠病毒靶向測(cè)序產(chǎn)品組合，已連續(xù)部署至超過(guò)10個(gè)新冠疫情熱點(diǎn)地區(qū)，完成多種新冠VOC（Omicron BA.1、BA.2、BA.5，Delta）測(cè)序，測(cè)序結(jié)果表現(xiàn)優(yōu)異，高效完成新冠溯源工作。世衛(wèi)組織與國(guó)家當(dāng)局、機(jī)構(gòu)和研究人員合作，定期評(píng)估 SARS CoV-2 變體是否會(huì)改變傳播或疾病特征，或影響用于控制的疫苗、治療、診斷或公共衛(wèi)生和社會(huì)措施 (PHSM)的有效性疾病傳播。根據(jù)對(duì)全球公共衛(wèi)生構(gòu)成的風(fēng)險(xiǎn)，定期評(píng)估潛在的關(guān)注變體(VOC)、感興趣的變體 (VOI)或監(jiān)測(cè)中的變體(VUM)。注：文中涉及產(chǎn)品僅用于科研使用，不得用于臨床診斷。Hui Jiang, Changcheng Wu, Wenbo Xu, Hongyou Chen, Fanghao Fang, Min Chen, Chaonan Wang, Lingyue Yuan, Huanyu Wu, Zheng Teng, Jinyuan Guo, Yaxu Zheng, Xihong Lyu, Xuefei Qiao, Guizhen Wu, Wenjie Tan, Xi Zhang. First Imported Case of SARS-CoV-2 Omicron Subvariant BA.5 — Shanghai Municipality, China, May 13, 2022[J].?China CDC Weekly.?doi:?10.46234/ccdcw2022.104?https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports
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圖1 SARS-CoV-2多個(gè)譜系的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。導(dǎo)入的VOC/Omicron (BA.5)用箭頭突出顯示。右側(cè)顯示了其他不同顏色的Omicron亞系
