2022年11月29-12月2日·北京· 分子模擬與計算機輔助藥物設(shè)計應(yīng)用實踐班
從20世紀90年代開始，藥物設(shè)計進入新的階段，即理性藥物設(shè)計。計算機輔助藥物設(shè)計（CADD）是基于各種分子模擬技術(shù)以及數(shù)理統(tǒng)計的方法，通過準確快速的計算蛋白質(zhì)或者核酸受體的結(jié)構(gòu)、小分子配體的構(gòu)象、酶和抑制劑相互作用構(gòu)象等，可以提高藥物設(shè)計的準確性和命中率，降低研發(fā)成本，縮短研發(fā)周期。在本次新冠肺炎疫情抗擊戰(zhàn)中，計算機輔助藥物設(shè)計也為抗病毒藥物的研發(fā)貢獻了關(guān)鍵的力量。
課程總目標：
1、通過四天系統(tǒng)性學習，掌握CADD在理性藥物設(shè)計中的應(yīng)用。
2、通過十二個主題的學習，帶您逐步掌握蛋白、核酸和小分子結(jié)構(gòu)的獲取、蛋白結(jié)構(gòu)分析、同源建模、虛擬篩選、分子對接（半柔性、柔性對接、蛋白-蛋白、蛋白-多肽等）、蛋白保守序列分析、蛋白氨基酸突變對蛋白結(jié)構(gòu)和功能的影響、Gromacs分子動力學模擬與結(jié)果分析。
課程通過理論結(jié)合實例講解并自主練習，達到即學即用效果，幫助學員系統(tǒng)性掌握計算機輔助藥物設(shè)計技術(shù)，助力學術(shù)研究。
主辦單位：北京市計算中心有限公司
支持單位：肽度TIMEDOO
舉 辦 地：北京市海淀區(qū)豐賢中路7號北科產(chǎn)業(yè)3號樓
課程安排：2022.11.29-2022.12.2 ???上午9:30-11:30 ?下午13:30-17:00
| 日期 | 主題 | 內(nèi)容 | 備注 |
| 第一天 | 生物分子互作概述 | 1.?計算機輔助藥物設(shè)計的概念以及方法概述
2.?生物分子相互作用研究方法概述 2.1蛋白-小分子相互作用研究方法 2.2蛋白-核酸相互作用研究方法 2.3蛋白-多肽相互作用研究方法 2.4蛋白-蛋白相互作用研究方法 3.?挑選最新論文，進行論文思路闡述 |
理論+
操作 |
| 分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫介紹 | 1.?PDB：蛋白結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫介紹
1.1?PDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的介紹 1.2?PDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)可獲取的資源 1.3?蛋白的結(jié)構(gòu)類型、數(shù)據(jù)解讀及下載 2.?PDB文件：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件詳解 2.1蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件可視化 2.2蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件原子坐標解讀 3.?Pubchem：化學小分子結(jié)構(gòu)獲取 3.1 Pubchem數(shù)據(jù)庫簡介 3.2 Pubchem數(shù)據(jù)庫小分子結(jié)構(gòu)查詢 3.3 Pubchem數(shù)據(jù)庫批量下載方法介紹 4.?ZINC：虛擬篩選小分子數(shù)據(jù)庫介紹與應(yīng)用 4.1 ZINC數(shù)據(jù)庫介紹 4.2 ZINC數(shù)據(jù)庫小分子批量下載方法介紹 5.?DrugBank：藥物數(shù)據(jù)的使用與小分子結(jié)構(gòu)的獲取 5.1 DrugBank數(shù)據(jù)庫介紹 5.2 DrugBank數(shù)據(jù)庫中小分子結(jié)構(gòu)的查詢與下載 6.?NDB：核酸結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫介紹 7.?核酸結(jié)構(gòu)預(yù)測 |
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| 蛋白質(zhì)和小分子對接實戰(zhàn) | 1.?Autodock軟件原理及功能介紹
1.1?小分子配體結(jié)構(gòu)處理 1.2?蛋白受體結(jié)構(gòu)優(yōu)化和處理 1.3?蛋白受體格點計算 2.?Autodock vina軟件原理及功能介紹 3.?分子對接和對接結(jié)果分析 3.1 半柔性對接計算 3.2 柔性對接計算 3.3 對接結(jié)果分析 3.4 最優(yōu)對接構(gòu)象的選擇 4.?實例講解與練習：鼠源RhoA—GTPγS與Forsythialan A分子對接 |
理論+
操作 |
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| 第二天 | 虛擬篩選演示與實戰(zhàn) | 1.?Linux基礎(chǔ)
1.1 Linux服務(wù)器連接 1.2 數(shù)據(jù)傳輸 1.3 Linux常用命令 2.?基于高性能計算集群的藥物虛擬篩選 3.?高性能計算虛擬篩選操作演示 4.?虛擬篩選結(jié)果分析 |
理論+
操作 |
| 生物大分子對接實戰(zhàn) | 1.?大分子對接原理及應(yīng)用介紹
2.?z-dock軟件介紹與使用 3.?其他生物大分子對接在線工具的介紹與使用 4.?蛋白-蛋白對接結(jié)果分析與解讀 5.?實例講解與練習：蛋白-蛋白對接 |
理論+
操作 |
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| 分子結(jié)構(gòu)可視化軟件SCI繪圖實戰(zhàn) | 1.?Pymol分子結(jié)構(gòu)可視化軟件介紹
2.?Pymol軟件高質(zhì)量論文繪圖實操 2.1 蛋白-小分子相互作用分析圖解 2.2 蛋白-蛋白相互作用分析圖解 2.3 蛋白-核酸相互作用分析圖解 3. Pymol動畫制作 |
理論+
操作 |
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| 第三天 | 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測原理及軟件實戰(zhàn) | 1.?同源建模原理介紹
2.?Swiss-model：在線同源建模 3.?I-TASSER：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測 4.?Rosetta：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測 5.?AlphaFold Protein Structure Database介紹 6.?Modeller：同源建模軟件操作演練 6.1 同源蛋白的搜索 6.2 蛋白序列比對 6.3 蛋白模板選擇 6.4 蛋白模型構(gòu)建 6.5 蛋白模型評價 6.6 蛋白模型優(yōu)化 |
理論+
操作 |
| 蛋白氨基酸突變對蛋白的影響 | 1.?蛋白保守性氨基酸序列分析及可視化
2.?氨基酸突變對蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的影響分析 3.?抗原表位預(yù)測與蛋白氨基酸突變預(yù)測分析 |
理論+操作 | |
| 第四天 | 計算生物學研究方法 | 1.?計算生物學概述
2.?動力學模擬研究案例介紹 |
理論 |
| 分子動力學模擬原理及軟件實戰(zhàn) | 1.?分子動力學簡介
1.1?分子立場的介紹 1.2?分子立場的原理 1.3?分子立場的分類及應(yīng)用 2.?NAMD軟件簡介 3.?Amber軟件簡介 4.?Gromacs：分子動力學模擬軟件操作演練（蛋白NSP13m1c與小分子29278的分子動力學模擬）（Linux操作系統(tǒng)下） 5.?分子動力學計算與結(jié)果分析 |
理論+
操作 |
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| 生物分子結(jié)構(gòu)可視化軟件介紹與使用 | 1.?VMD：結(jié)構(gòu)可視化軟件操作演練
2.?VMD查看分子動力學模擬結(jié)果 3.?VMD作圖實例講解與練習 |
理論+
操作 |
注：內(nèi)容以實際發(fā)生為準；若調(diào)，會提前通知。
部分案列圖示：
報班福利：
- 報名繳費后提供課前預(yù)習資料包；
- 進入預(yù)習群，由上課老師親自解答預(yù)習期間遇到的問題。
預(yù)習資料包：
1、動力學模擬文件夾?
2、分子對接文件夾?
3、分子動力學模擬技術(shù)文檔
4、分子對接技術(shù)文檔
【報名費用】
注冊費：5600元/人（含當期聽課費、資料費、證書費、考試費（如有））。
提供當期視頻回放以供復(fù)習使用（羽林學院平臺）。
開具增值稅發(fā)票，提供蓋章通知、結(jié)業(yè)證書等相關(guān)材料。
【報名優(yōu)惠政策】
1、上課前15天預(yù)報名優(yōu)惠200元；
2、3人以上團體報名每人可減少300元；
3、4+1團報，可免費贈送一個名額；
4、上面優(yōu)惠政策不能同時享受，只能享受其中一種。
老學員參加及推薦學員參加均可額外優(yōu)惠200元。
【付費方式】
手機銀行或電子銀行轉(zhuǎn)賬、銀行匯款等
單位全稱：北京市計算中心有限公司
賬號：0200151819100023937
開戶銀行：中國工商銀行股份有限公司北京自貿(mào)試驗區(qū)永豐基地支行
（匯款信息備注：“智能計算——您的姓名”，個人匯款請備注單位名稱）
注：款項支出后，請?zhí)峁└犊罨貓?zhí)給工作人員，方便核實到賬、開具發(fā)票。
【咨詢請聯(lián)系】
QQ號：659230635
微信號：vicolee2021
【注】開課前一周會發(fā)送郵件通知；若未接到郵件通知，請電話咨詢。
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