2024.2.29-3.1·思路流程，經(jīng)典復現(xiàn)：分子動力學模擬研討班——Amber軟件

1年前發(fā)布在 培訓班

分子動力學模擬是分子模擬中最接近實驗條件的模擬方法，能夠從原子層面給出體系的微觀演變過程，直觀的展示實驗現(xiàn)象發(fā)生的機理與規(guī)律，促使我們的研究向著更高效、更經(jīng)濟、更有預見性的方向發(fā)展。分子動力學可以解決和研究DNA的折疊和性質、蛋白與配體的識別機制、跨膜蛋白的工作機理、蛋白酶與底物的反應、蛋白與蛋白的耦合、比較野生型與突變蛋白的不同特性、蛋白折疊的機制問題（控制溫度，使蛋白自行折疊和去折疊）等。

本研討班旨在研究對象模型的獲取與構建-體系預處理、能量優(yōu)化、分子動力學模擬結果評估、結合自由能計算、相互作用機理分析、可視化、軌跡特征獲取，并對經(jīng)典文獻進行復現(xiàn)。

本次研討班分為2個階段

1.分子動力學模擬的研究思路

以實際案例和高分論文為例，講解分子動力學模擬研究思路

2.掌握分子動力學模擬流程

以實際結構為例，詳細介紹分子動力學的原理、軟件過程及后續(xù)結果分析。

主辦單位：北京市計算中心有限公司

協(xié)辦單位：

北京市基因測序與功能分析工程技術研究中心

云計算關鍵技術與應用北京市重點實驗室

工業(yè)和信息化人才培養(yǎng)工程培訓基地

北京市大數(shù)據(jù)教學實踐基地

舉?辦?地：北京市海淀區(qū)豐賢中路7號北科產業(yè)3號樓

課程安排：2024年2月29-3月1日（周四-周五）?上9:30-11:30 下13:30-17:00

日期	主題	內容	備注
第一天	分子動力學模擬簡介	1.?分子模擬的發(fā)展歷史 2.?分子模擬的優(yōu)勢和局限 3.?分子動力學基本原理	理論+ 操作
	Linux基礎	1.?Linux服務器連接 2.?數(shù)據(jù)傳輸 3.?Linux常用命令
	動力學模擬預備知識	1.?Amber軟件介紹 2.?Amber力場介紹 3.?拓撲文件、坐標文件介紹 4.?模擬條件介紹 1)?系綜（ensemble）選擇 2)?約束條件設置 3)?參數(shù)配置
	研究模型預處理	1.?模型文件的預處理 2.?結構文件來源介紹 3.?tleap模塊的介紹和使用 1)?蛋白預處理 2)?小分子預處理 3)?溶劑化模型的構建方法 4)?生成amber識別的prmtop和inpcrd輸入文件
第二天	?分子動力學模擬流程	1.?動力學模擬參數(shù)文件的介紹 2.?能量優(yōu)化 3.?升溫 4.?平衡 5.?動力學成品模擬	理論+ 操作
	分子動力模擬結果分析	1.?Amber軌跡文件處理 1)?軌跡合并 2)?采樣、重設時間、截取部分原子、刪除水和離子、成像居中和構象疊合 2.?結合自由能計算 3.?Amber軌跡分析 1)?RMSD分析 2)?RMSF分析 3)?B因子分析 4)?氫鍵分析 5)?回轉半徑分析	理論+ 操作
	生物分子結構可視化軟件介紹與使用	1.?VMD：結構可視化軟件操作演練 2.?VMD查看分子動力學模擬結果 3.?VMD作圖實例講解與練習	理論+ 操作