2024.3.13-15·新手段、新思路：單細胞及空間轉(zhuǎn)錄組生信分析實戰(zhàn)培訓班

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2024.3.13-15·新手段、新思路：單細胞及空間轉(zhuǎn)錄組生信分析實戰(zhàn)培訓班-肽度TIMEDOO

隨著單細胞技術的發(fā)展和廣泛應用，單細胞轉(zhuǎn)錄組學已經(jīng)成為生物醫(yī)學領域中的一個重要研究方向。單細胞轉(zhuǎn)錄組學可以在單細胞水平上揭示不同細胞類型之間的異質(zhì)性，為研究細胞發(fā)育、疾病發(fā)生和治療等提供了新的手段和思路。單細胞轉(zhuǎn)錄組學可以揭示不同細胞類型之間的異質(zhì)性和細胞發(fā)育過程中的轉(zhuǎn)錄組動態(tài)變化。通過分析單個細胞的轉(zhuǎn)錄組，我們可以了解到不同細胞類型的基因表達差異和功能特征，同時也可以研究細胞發(fā)育過程中的分子機制和轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡。

在本培訓班中，您將學習如何使用最先進的單細胞分析技術Seurat和R語言，進行單細胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組分析，并了解SCI繪圖的基本原理和應用。

具體內(nèi)容包括：

1）單細胞RNA測序（scRNA-seq）技術及數(shù)據(jù)預處理；

2）單細胞轉(zhuǎn)錄組分析工具Seurat的基本操作及高級分析方法；

3）空間轉(zhuǎn)錄組測序（Spatial Transcriptomics）技術及數(shù)據(jù)分析；

4）使用R語言進行單細胞分析和SCI繪圖。

本課程適合從事生物信息學、細胞生物學、分子生物學和生命科學等領域的科研人員、學生和技術人員。無論您是初學者還是有一定經(jīng)驗的專業(yè)人士，我們都將為您提供最新的技術和實踐經(jīng)驗。

主辦單位：北京市計算中心有限公司

協(xié)辦單位：

北京市基因測序與功能分析工程技術研究中心

云計算關鍵技術與應用北京市重點實驗室

工業(yè)和信息化人才培養(yǎng)工程培訓基地

北京市大數(shù)據(jù)教學實踐基地

舉?辦?地：北京市海淀區(qū)豐賢中路7號北科產(chǎn)業(yè)3號樓

課程安排：2024年3月13-15日（周三-周五）?上9:30-11:30 下13:30-17:00

日期	主題	內(nèi)容	備注
第一天	單細胞、空間轉(zhuǎn)錄組及bulk轉(zhuǎn)錄組測序技術	1.?單細胞測序技術研究現(xiàn)狀及應用 2.?單細胞轉(zhuǎn)錄組實驗設計及建庫測序原理（重點介紹10x genomics） 3.?空間轉(zhuǎn)錄組實驗設計及建庫測序原理 4.?二代測序技術簡介 5.?bulk轉(zhuǎn)錄組實驗設計及建庫測序原理	理論
第一天	上機操作基礎	1.?R語言簡介 2.?R語言安裝及配置 3.?R語言數(shù)據(jù)結構 4.?R語言數(shù)據(jù)處理 5.?R語言基本統(tǒng)計繪圖 6.?單細胞分析相關R包的安裝	理論+ 實踐
第二天	使用Seurat進行單細胞標準分析	1、Cell ranger分析過程和結果解讀 2、Seurat數(shù)據(jù)基本結構（創(chuàng)建，結構形式，包含內(nèi)容） 3、數(shù)據(jù)質(zhì)控及預處理（細胞選擇和過濾、數(shù)據(jù)規(guī)范化和縮放以及高度可變特征的檢測） 4、細胞分群 5、非線性降維（UMAP/tSNE） 6、差異表達特征 7、細胞群注釋（手動注釋和軟件注釋） 8、可視化（小提琴圖，熱圖，聚類圖，拐點圖，火山圖，點線圖）	理論+ 實踐
第二天	使用Seurat進行單細胞高級分析	1、去除批次效應（Harmony） 2、細胞周期分析（seurat） 3、通訊分析（cellchat） 4、擬時序分析（monocle3） 5、細胞注釋（SingleR） 6、富集分析（GSEA，Go/KEGG） 7、腫瘤細胞拷貝數(shù)變異（InferCNV） 8、雙胞預測（DoubletFinder） 9、 Pseudobulk（muscat）	理論+ 實踐
第三天	單細胞多組學整合分析	1、單細胞轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組的數(shù)據(jù)格式 2、構建Seurat的轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)對象 3、標準化流程分析 4、多組學數(shù)據(jù)結果展示 5、識別標記（轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組）	理論+ 實踐
	空間轉(zhuǎn)錄組分析	1、數(shù)據(jù)導入和預處理 2、基因表達可視化 3、空間特征識別 4、區(qū)域子集分析	理論+ 實踐
	單細胞SCI繪圖優(yōu)化	1、ggplot繪圖語法介紹 2、Seurat繪圖結果使用ggplot進行優(yōu)化 3、Seurat結果保存	理論+ 實踐