2024.4.25-28·十一主題，即學(xué)即用：計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)與分子動(dòng)力學(xué)模擬應(yīng)用實(shí)踐班-肽度TIMEDOO
從20世紀(jì)90年代開(kāi)始，藥物設(shè)計(jì)進(jìn)入新的階段，即理性藥物設(shè)計(jì)。計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)（CADD）是基于各種分子模擬技術(shù)以及數(shù)理統(tǒng)計(jì)的方法，通過(guò)準(zhǔn)確快速的計(jì)算蛋白質(zhì)或者核酸受體的結(jié)構(gòu)、小分子配體的構(gòu)象、酶和抑制劑相互作用構(gòu)象等，可以提高藥物設(shè)計(jì)的準(zhǔn)確性和命中率，降低研發(fā)成本，縮短研發(fā)周期。在新冠肺炎疫情抗擊戰(zhàn)中，計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)也為抗病毒藥物的研發(fā)貢獻(xiàn)了關(guān)鍵的力量。
課程總目標(biāo)：

1、通過(guò)系統(tǒng)性學(xué)習(xí)，掌握CADD在理性藥物設(shè)計(jì)中的應(yīng)用。

2、通過(guò)十余個(gè)主題的學(xué)習(xí)，帶您逐步掌握計(jì)算輔助藥物設(shè)計(jì)主要的研究方法：蛋白、核酸和小分子結(jié)構(gòu)的獲取、化合物的ADMET性質(zhì)預(yù)測(cè)、蛋白結(jié)構(gòu)分析、蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、虛擬篩選、分子對(duì)接（半柔性、柔性對(duì)接、蛋白-蛋白、蛋白-多肽等）、蛋白保守序列分析、蛋白氨基酸突變對(duì)蛋白結(jié)構(gòu)和功能的影響、分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件Amber和Gromacs的使用與分子動(dòng)力學(xué)模擬結(jié)果分析。

課程通過(guò)理論結(jié)合實(shí)例講解并自主練習(xí)，達(dá)到即學(xué)即用效果，幫助學(xué)員系統(tǒng)性掌握計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)技術(shù)，助力學(xué)術(shù)研究。

主辦單位：北京市計(jì)算中心有限公司

舉 辦 地：北京市海淀區(qū)豐賢中路7號(hào)北科產(chǎn)業(yè)3號(hào)樓3層
課程安排：2024年4月25-28日（周四-周日）??上9:30-11:30 ?下13:30-17:00
日期 主題 內(nèi)容 備注
第一天 CADD理論與分子動(dòng)力學(xué)模擬概述 1. 計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)的概念以及方法概述

2. 計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)經(jīng)典論文講解

3. 生物分子相互作用研究方法概述

4. 計(jì)算生物學(xué)概述

5. 分子動(dòng)力學(xué)簡(jiǎn)介

5.1 分子力場(chǎng)的介紹

5.2 分子力場(chǎng)的原理

5.3 分子力場(chǎng)的分類及應(yīng)用

6. 挑選最新論文，進(jìn)行論文思路闡述

 理論
軟件安裝 7. 分子模擬軟件安裝 實(shí)踐
藥物設(shè)計(jì)中的量子力學(xué)概述 8.?量子力學(xué)簡(jiǎn)介

9.?量子力學(xué)與化學(xué)鍵的本質(zhì)

10.?化學(xué)鍵的模擬方法及常用軟件

11.?示例

 理論
分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)介紹 12.?Uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)介紹

13.?PDB：蛋白結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)介紹

13.1 PDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)的介紹

13.2 PDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)可獲取的資源

13.3 蛋白的結(jié)構(gòu)類型、數(shù)據(jù)解讀及下載

14. Pubchem：化學(xué)小分子結(jié)構(gòu)獲取

14.1 Pubchem數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介

14.2 Pubchem數(shù)據(jù)庫(kù)小分子結(jié)構(gòu)查詢

14.3 Pubchem數(shù)據(jù)庫(kù)批量下載方法介紹

15. Drugbank數(shù)據(jù)庫(kù)介紹

16. ZINC：虛擬篩選小分子數(shù)據(jù)庫(kù)介紹與應(yīng)用

16.1 ZINC數(shù)據(jù)庫(kù)介紹

16.2 ZINC數(shù)據(jù)庫(kù)小分子批量下載方法介紹

17. 候選化合物ADMET性質(zhì)預(yù)測(cè)

 理論+

操作
第二天 分子結(jié)構(gòu)可視化軟件簡(jiǎn)介 18. PyMOL分子結(jié)構(gòu)可視化軟件介紹

19. Chemoffice軟件安裝與介紹

 理論+

操作
蛋白質(zhì)和小分子對(duì)接實(shí)戰(zhàn) 20. Autodock軟件原理及功能介紹
20.1 小分子配體結(jié)構(gòu)處理
20.2 蛋白受體結(jié)構(gòu)優(yōu)化和處理

20.2.1 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件可視化

20.2.2?蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件詳解

20.2.3?蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件原子坐標(biāo)解讀

20.3 蛋白受體格點(diǎn)計(jì)算

21. Autodock vina軟件原理及功能介紹

22. 分子對(duì)接和對(duì)接結(jié)果分析

22.1 半柔性對(duì)接計(jì)算
22.2?對(duì)接結(jié)果分析
22.3?最優(yōu)對(duì)接構(gòu)象的選擇

23. DS軟件分析對(duì)接結(jié)果分析

24. 實(shí)例講解與練習(xí)：HIV-對(duì)接

 理論+

操作
虛擬篩選演示與實(shí)戰(zhàn) 25. Linux基礎(chǔ)

25.1 Linux服務(wù)器連接

25.2 數(shù)據(jù)傳輸

25.3 Linux常用命令

26. 基于高性能計(jì)算集群的藥物虛擬篩選

27. 高性能計(jì)算虛擬篩選操作演示

28. 虛擬篩選結(jié)果分析

 理論+

操作
第三天 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)原理及軟件實(shí)戰(zhàn) 29. 核酸二級(jí)結(jié)構(gòu)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

30. AlohaFold Protein Structure Database介紹

31. 同源建模原理介紹

32. Swiss-model：在線同源建模

32.1 同源蛋白的搜索

32.2?蛋白序列比對(duì)

32.3?蛋白模板選擇

32.4?蛋白模型構(gòu)建

32.5?蛋白模型評(píng)價(jià)

32.6?蛋白模型優(yōu)化

33.?I-TASSER：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

34.?Rosetta：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

 理論+

操作
生物大分子對(duì)接實(shí)戰(zhàn) 35.?大分子對(duì)接原理及應(yīng)用介紹

36.?z-dock軟件介紹與使用

37.?Rosetta軟件介紹與使用

38.?其他生物大分子對(duì)接在線工具的介紹與使用

39.?蛋白-蛋白對(duì)接結(jié)果分析與解讀

 理論+

操作
分子結(jié)構(gòu)可視化軟件SCI繪圖實(shí)戰(zhàn) 40.?PyMOL軟件高質(zhì)量論文繪圖實(shí)操

40.1 蛋白-多肽相互作用分析圖解

40.2 蛋白-小分子相互作用分析圖解

40.3 蛋白-蛋白相互作用分析圖解

41. PyMOL動(dòng)畫制作

 理論+

操作
第四天 蛋白氨基酸突變對(duì)蛋白的影響 42. 蛋白保守性氨基酸序列分析及可視化

43. 氨基酸突變對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的影響分析

 理論+

操作
分子動(dòng)力學(xué)模擬原理及軟件實(shí)戰(zhàn) 44.?模擬體系的構(gòu)建方法介紹

45.?Amber：結(jié)合實(shí)例講解分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件操作演練

46.?Gromacs：結(jié)合實(shí)例講解分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件操作演練

47.?分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算與結(jié)果分析

47.1 結(jié)合自由能的計(jì)算分析

47.2 軌跡文件常見(jiàn)分析：RMSD、RMSF、回旋半徑等

 理論+

操作
生物分子結(jié)構(gòu)可視化軟件介紹與使用 48.?VMD：結(jié)構(gòu)可視化軟件操作演練

49.?VMD查看分子動(dòng)力學(xué)模擬結(jié)果

50.?VMD作圖實(shí)例講解與練習(xí)

 理論+

操作

注：內(nèi)容以實(shí)際發(fā)生為準(zhǔn)；若調(diào)，會(huì)提前通知。

部分案例圖示：

2024.4.25-28·十一主題，即學(xué)即用：計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)與分子動(dòng)力學(xué)模擬應(yīng)用實(shí)踐班-肽度TIMEDOO

報(bào)班福利：

1、報(bào)名繳費(fèi)后提供課前預(yù)習(xí)資料包；

2、進(jìn)入預(yù)習(xí)群，由上課老師親自解答預(yù)習(xí)期間遇到的問(wèn)題。

預(yù)習(xí)資料包

1、動(dòng)力學(xué)模擬文件夾

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2、分子對(duì)接文件夾

2024.4.25-28·十一主題，即學(xué)即用：計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)與分子動(dòng)力學(xué)模擬應(yīng)用實(shí)踐班-肽度TIMEDOO

3、分子動(dòng)力學(xué)模擬技術(shù)文檔

4、分子對(duì)接技術(shù)文檔

攜帶電腦：各位學(xué)員聽(tīng)課請(qǐng)自備筆記本電腦（Windows 64位系統(tǒng)，推薦win10及win11）；若只能攜帶蘋果電腦，請(qǐng)?zhí)崆白孕邪惭b好所需軟件。

【報(bào)名費(fèi)用】

注冊(cè)費(fèi)：5600元/人（含當(dāng)期聽(tīng)課費(fèi)、資料費(fèi)、證書費(fèi)、考試費(fèi)（如有））。

提供當(dāng)期視頻回放以供復(fù)習(xí)使用（羽林學(xué)院平臺(tái)）。
開(kāi)具增值稅發(fā)票，提供蓋章通知、結(jié)業(yè)證書等相關(guān)材料。

【報(bào)名優(yōu)惠政策】

1、3人以上團(tuán)體報(bào)名每人可減少300元；

2、4+1團(tuán)報(bào)，可免費(fèi)贈(zèng)送一個(gè)名額；

3、上面優(yōu)惠政策不能同時(shí)享受，只能享受其中一種；

老學(xué)員參加及推薦學(xué)員參加均可額外優(yōu)惠200元。

報(bào)名方式：?通過(guò)客服微信告知姓名+工作單位即可報(bào)名；
報(bào)名微信：vicolee2021
2024.4.25-28·十一主題，即學(xué)即用：計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)與分子動(dòng)力學(xué)模擬應(yīng)用實(shí)踐班-肽度TIMEDOO