【二月班|現(xiàn)場】十一主題，即學(xué)即用：計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)與分子動(dòng)力學(xué)模擬應(yīng)用實(shí)踐班（2025.2.25-28）
1、通過系統(tǒng)性學(xué)習(xí)，掌握CADD在理性藥物設(shè)計(jì)中的應(yīng)用。
2、通過十余個(gè)主題的學(xué)習(xí)，帶您逐步掌握計(jì)算輔助藥物設(shè)計(jì)主要的研究方法：蛋白、核酸和小分子結(jié)構(gòu)的獲取、化合物的ADMET性質(zhì)預(yù)測、蛋白結(jié)構(gòu)分析、蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測、虛擬篩選、分子對(duì)接（半柔性、柔性對(duì)接、蛋白-蛋白、蛋白-多肽等）、蛋白保守序列分析、蛋白氨基酸突變對(duì)蛋白結(jié)構(gòu)和功能的影響、分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件Amber和Gromacs的使用與分子動(dòng)力學(xué)模擬結(jié)果分析。
課程通過理論結(jié)合實(shí)例講解并自主練習(xí)，達(dá)到即學(xué)即用效果，幫助學(xué)員系統(tǒng)性掌握計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)技術(shù)，助力學(xué)術(shù)研究。
主辦單位：北京市計(jì)算中心有限公司
| 日期 | 主題 | 內(nèi)容 | 備注 |
| 第一天 | CADD理論與分子動(dòng)力學(xué)模擬概述 | 1.?計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)的概念以及方法概述
2.?計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)經(jīng)典論文講解 3.?生物分子相互作用研究方法概述 4.?計(jì)算生物學(xué)概述 5.?分子動(dòng)力學(xué)簡介 5.1?分子力場的介紹 5.2?分子力場的原理 5.3?分子力場的分類及應(yīng)用 6.?挑選最新論文，進(jìn)行論文思路闡述 |
理論 |
| 軟件安裝 | 7.?分子模擬軟件安裝 | 實(shí)踐 | |
| 藥物設(shè)計(jì)中的量子力學(xué)概述 | 8.?量子力學(xué)簡介
9.?量子力學(xué)與化學(xué)鍵的本質(zhì) 10.?化學(xué)鍵的模擬方法及常用軟件 11.?示例 |
理論 | |
| 分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫介紹 | 12.?Uniprot數(shù)據(jù)庫介紹
13.?PDB：蛋白結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫介紹 13.1 PDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的介紹 13.2 PDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)可獲取的資源 13.3?蛋白的結(jié)構(gòu)類型、數(shù)據(jù)解讀及下載 14. Pubchem：化學(xué)小分子結(jié)構(gòu)獲取 14.1 Pubchem數(shù)據(jù)庫簡介 14.2 Pubchem數(shù)據(jù)庫小分子結(jié)構(gòu)查詢 14.3 Pubchem數(shù)據(jù)庫批量下載方法介紹 15. Drugbank數(shù)據(jù)庫介紹 16. ZINC：虛擬篩選小分子數(shù)據(jù)庫介紹與應(yīng)用 16.1 ZINC數(shù)據(jù)庫介紹 16.2 ZINC數(shù)據(jù)庫小分子批量下載方法介紹 17.?候選化合物ADMET性質(zhì)預(yù)測 |
理論+
操作 |
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| 第二天 | 分子結(jié)構(gòu)可視化軟件簡介 | 18. PyMOL分子結(jié)構(gòu)可視化軟件介紹
19. Chemoffice軟件安裝與介紹 |
理論+
操作 |
| 蛋白質(zhì)和小分子對(duì)接實(shí)戰(zhàn) | 20. Autodock軟件原理及功能介紹
20.2.1?蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件可視化 20.2.2?蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件詳解 20.2.3?蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件原子坐標(biāo)解讀 21. Autodock vina軟件原理及功能介紹 22.?分子對(duì)接和對(duì)接結(jié)果分析 23. DS軟件分析對(duì)接結(jié)果分析 24.?實(shí)例講解與練習(xí)：HIV-對(duì)接 |
理論+
操作 |
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| 虛擬篩選演示與實(shí)戰(zhàn) | 25. Linux基礎(chǔ)
25.1 Linux服務(wù)器連接 25.2?數(shù)據(jù)傳輸 25.3 Linux常用命令 26.?基于高性能計(jì)算集群的藥物虛擬篩選 27.?高性能計(jì)算虛擬篩選操作演示 28.?虛擬篩選結(jié)果分析 |
理論+
操作 |
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| 第三天 | 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測原理及軟件實(shí)戰(zhàn) | 29.?核酸二級(jí)結(jié)構(gòu)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測
30. AlohaFold Protein Structure Database介紹 31.?同源建模原理介紹 32. Swiss-model：在線同源建模 32.1?同源蛋白的搜索 32.2?蛋白序列比對(duì) 32.3?蛋白模板選擇 32.4?蛋白模型構(gòu)建 32.5?蛋白模型評(píng)價(jià) 32.6?蛋白模型優(yōu)化 33.?I-TASSER：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測 34.?Rosetta：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測 |
理論+
操作 |
| 生物大分子對(duì)接實(shí)戰(zhàn) | 35.?大分子對(duì)接原理及應(yīng)用介紹
36. z-dock軟件介紹與使用 37. Rosetta軟件介紹與使用 38.?其他生物大分子對(duì)接在線工具的介紹與使用 39.?蛋白-蛋白對(duì)接結(jié)果分析與解讀 |
理論+
操作 |
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| 分子結(jié)構(gòu)可視化軟件SCI繪圖實(shí)戰(zhàn) | 40. PyMOL軟件高質(zhì)量論文繪圖實(shí)操
40.1?蛋白-多肽相互作用分析圖解 40.2?蛋白-小分子相互作用分析圖解 40.3?蛋白-蛋白相互作用分析圖解 41. PyMOL動(dòng)畫制作 |
理論+
操作 |
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| 第四天 | 蛋白氨基酸突變對(duì)蛋白的影響 | 42.?蛋白保守性氨基酸序列分析及可視化
43.?氨基酸突變對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的影響分析 |
理論+
操作 |
| 分子動(dòng)力學(xué)模擬原理及軟件實(shí)戰(zhàn) | 44.?模擬體系的構(gòu)建方法介紹
45.?Amber：結(jié)合實(shí)例講解分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件操作演練 46.?Gromacs：結(jié)合實(shí)例講解分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件操作演練 47.?分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算與結(jié)果分析 47.1?結(jié)合自由能的計(jì)算分析 47.2?軌跡文件常見分析：RMSD、RMSF、回旋半徑等 |
理論+
操作 |
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| 生物分子結(jié)構(gòu)可視化軟件介紹與使用 | 48.?VMD：結(jié)構(gòu)可視化軟件操作演練
49.?VMD查看分子動(dòng)力學(xué)模擬結(jié)果 50.?VMD作圖實(shí)例講解與練習(xí) |
理論+
操作 |
注：內(nèi)容以實(shí)際發(fā)生為準(zhǔn)；若調(diào)，會(huì)提前通知。
部分案例圖示：
報(bào)班福利：
1、報(bào)名繳費(fèi)后提供課前預(yù)習(xí)資料包；
2、進(jìn)入預(yù)習(xí)群，由上課老師親自解答預(yù)習(xí)期間遇到的問題。
1、動(dòng)力學(xué)模擬文件夾
?
2、分子對(duì)接文件夾
3、分子動(dòng)力學(xué)模擬技術(shù)文檔
4、分子對(duì)接技術(shù)文檔
攜帶電腦：各位學(xué)員聽課請自備筆記本電腦（Windows 64位系統(tǒng)，推薦win10及win11）；若只能攜帶蘋果電腦，請?zhí)崆白孕邪惭b好所需軟件。
【報(bào)名費(fèi)用】
注冊費(fèi)：5600元/人（含當(dāng)期聽課費(fèi)、資料費(fèi)、證書費(fèi)、考試費(fèi)（如有））。
【報(bào)名優(yōu)惠政策】
1、3人以上團(tuán)體報(bào)名每人可減少300元；
2、4+1團(tuán)報(bào)，可免費(fèi)贈(zèng)送一個(gè)名額；
3、上面優(yōu)惠政策不能同時(shí)享受，只能享受其中一種；
老學(xué)員參加及推薦學(xué)員參加均可額外優(yōu)惠200元。
【掃碼報(bào)名】
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