《Nature Cell Biology》：腫瘤相關巨噬細胞細胞外囊泡包裹的lncRNA調節(jié)乳腺癌細胞的有氧糖酵解

IF：19.064

2019-4-1

代謝重編程是癌癥的重要特征。中山大學孫逸仙紀念醫(yī)院的研究人員證明了腫瘤相關巨噬細胞（TAMs）通過細胞外囊泡（EV）傳遞一種骨髓特異性lncRNA HISLA（HIF-1α-stabilizing long noncoding RNA），從而增強乳腺癌細胞的有氧糖酵解和細胞凋亡抗性。機制上，HISLA可阻斷PHD2與HIF-1α的相互作用以抑制HIF-1α的羥基化和降解。反過來，處于糖酵解狀態(tài)的腫瘤細胞釋放的乳酸可顯著上調巨噬細胞中的HISLA，構成TAMs和腫瘤細胞之間的前饋環(huán)路。阻斷細胞外囊泡（EV）傳遞HISLA可抑制體內乳腺癌的糖酵解和化學抗性。臨床上，TAMs中的HISLA表達與糖酵解、化療反應差和乳腺癌患者生存期短有關。該研究強調了lncRNAs作為信號轉導物的潛力，這些信號轉導物通過EV在免疫細胞和腫瘤細胞之間傳播，以促進癌癥有氧糖酵解。
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Fig1. Graphical illustration of the interaction between TAMs and breast cancer cells.
原文：Chen F, Chen J N, Yang L B, et al. Extracellular vesicle-packaged HIF-1α-stabilizing lncRNA from tumour-associated macrophages regulates aerobic glycolysis of breast cancer cells[J].?Nature Cell Biology, 2019.

《Nature Communication》：TRIM71與lncRNA Trincr1結合抑制胚胎干細胞中的FGF/ERK信號傳導

IF:12.353

2019-3-25

長鏈非編碼RNAs（lncRNAs）已成為胚胎干細胞（ESCs）中基因調控網(wǎng)絡的重要組成部分。然而，lncRNAs的功能和分子機制在很大程度上仍然未知。北京大學分子醫(yī)學研究所的研究人員確定了一個lncRNA Trincr1（TRIM71相互作用的長鏈非編碼RNA 1），其可調節(jié)ESCs的FGF/ERK信號傳導和自我更新。Trincr1通過THOC復合物進入到細胞質中，在那里它結合并抑制TRIM71，導致SHCBP1蛋白的下調。敲除Trincr1會導致ERK磷酸化和ERK通路靶基因的上調，以及ESC自我更新的減少，然而敲除Trim71完全挽救了Trincr1敲除的缺陷。此外，Trincr1的異位表達抑制FGF/ERK信號傳導和神經(jīng)祖細胞（NPCs）的自我更新?？傊撗芯繌娬{lncRNA是細胞信號網(wǎng)絡中協(xié)調細胞命運規(guī)范的重要參與者。
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Fig2. Ectopic expression of Trincr1 represses FGF/ERK signaling in NPCs.
原文：Li Y P, Duan F F, Zhao Y T, et al. A TRIM71 binding long noncoding RNA Trincr1 represses FGF/ERK signaling in embryonic stem cells[J].?Nature Communications, 2019, 10(1): 1368.

《The EMBO Journal》：長鏈非編碼RNA ROCKI調控炎癥基因表達

IF：10.557

2019-3-27

長鏈非編碼RNAs（lncRNAs）可通過順式（局部）或反式（非局部）作用調節(jié)靶基因表達。加州大學圣地亞哥醫(yī)學院的研究人員對Toll樣受體（TLR）刺激的人類巨噬細胞進行了全基因組表達分析，以鑒定參與先天免疫的順式作用lncRNA和蛋白編碼基因對?？偣茶b定出229個基因對，其中許多基因對通過多種TLRs信號通路調控，參與B組鏈球菌感染的細胞因子反應。該研究專注于闡明一個lncRNA的功能，命名為lnc-MARCKS或ROCKI（細胞因子和炎癥的調節(jié)因子），它是由多種TLR刺激誘導并充當炎癥反應的主要調節(jié)因子。ROCKI與APEX1（脫嘌呤/脫嘧啶核酸內切酶1）相互作用以在MARCKS啟動子處形成核糖核蛋白復合物。反過來，ROCKI-APEX1募集了組蛋白去乙?；窰DAC1，其從啟動子中去除了H3K27ac修飾，從而降低了MARCKS轉錄以及隨后的Ca2+信號傳導和炎癥基因表達。最后，影響ROCKI表達的遺傳變異與人類某些炎癥和傳染病的風險降低有關，包括炎性腸病和結核病?？傊?，這些數(shù)據(jù)強調了順式作用lncRNA在TLR信號傳導，先天免疫和病理生理炎癥中的重要性。
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Fig3. A cis-regulatory model for ROCKI function in the negative regulation of MARCKS in innate immune cells.
原文：Zhang Q, Chao T C, Patil V S, et al. The long noncoding RNA ROCKI regulates inflammatory gene expression[J].The EMBO Journal,?2019: e100041.

《PNAS》：抑制lncRNA SAF可激活HIV-1感染的人類巨噬細胞中的凋亡效應因子caspases

IF：9.504

2019-3-27

長鏈非編碼RNAs (lncRNAs)在多種生物通路中具有重要的調節(jié)功能，并且通過調控這些RNAs可提供一個重要的途徑來調節(jié)這些通路，尤其是在疾病中。目前對于lncRNAs在HIV-1感染期間決定細胞命運方面的作用仍然知之甚少。康奈爾大學的研究人員確定了lncRNA SAF在調節(jié)巨噬細胞凋亡效應因子caspase中的影響。與對照細胞相比，HIV-1感染的人類單核細胞衍生的巨噬細胞（MDM）中的SAF表達顯著上調。在HIV-1感染個體支氣管肺泡灌洗獲得的HIV-1感染的氣道巨噬細胞中也檢測到SAF RNA表達的類似增強。用siRNA下調SAF的表達水平可增加病毒感染MDMs中caspase-3/7的活性水平。這種凋亡caspases的誘導僅發(fā)生在HIV-1感染的巨噬細胞中，導致巨噬細胞培養(yǎng)物中HIV-1復制和總病毒負荷的顯著減少。該研究確定了靶向lncRNA SAF作為特異性誘導HIV-1感染巨噬細胞細胞死亡的潛在手段。
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Fig4. Effect of siSAF treatment on apoptosis of HIV-1–infected MDMs.
原文：Boliar S, Gludish D W, Jambo K C, et al. Inhibition of the lncRNA SAF drives activation of apoptotic effector caspases in HIV-1–infected human macrophages[J].?Proceedings of the National Academy of Sciences, 2019: 201818662.

《Genes & Development》：lncRNA Falcor調控Foxa2的表達以維持肺上皮細胞穩(wěn)態(tài)并促進再生

IF：9.462

2019-3-28

轉錄因子（TF）是基因表達劑量敏感的主要調節(jié)因子，單倍劑量不足經(jīng)常會導致危及生命的疾病。許多機制已經(jīng)發(fā)展到在轉錄、翻譯和翻譯后水平上嚴格調控TFs的表達和活性。長鏈非編碼RNAs（lncRNAs）在空間上與基因組中的轉錄因子相關，但這些lncRNAs與其鄰近的TFs之間的調節(jié)關系尚不清楚。辛辛那提大學的研究人員在TF Foxa2和下游lncRNA Falcor (Foxa2相鄰的長鏈非編碼RNA)之間確定了一個調節(jié)反饋回路。Foxa2通過與其啟動子結合直接抑制Falcor的表達，而Falcor以順式作用正向調節(jié)Foxa2的表達。在肺部，F(xiàn)alcor的缺失足以導致氣道上皮損傷后的慢性炎癥改變和修復缺陷。此外，F(xiàn)alcor-Foxa2調節(jié)反饋回路的破壞導致細胞黏附和遷移的改變，進而導致慢性支氣管周圍氣道炎癥和杯狀細胞化生。這些數(shù)據(jù)表明，lncRNA Falcor在調節(jié)反饋回路中發(fā)揮作用，微調Foxa2的表達，維持氣道上皮穩(wěn)態(tài)，促進再生。
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Fig5. Model for Falcor regulation of Foxa2.
原文：Swarr D T, Herriges M, Li S, et al. The long noncoding RNA Falcor regulates Foxa2 expression to maintain lung epithelial homeostasis and promote regeneration[J].?Genes & Development, 2019.

《Cancer Immunol Res》：假基因Olfr29-ps1促進單核細胞MDSC的抑制功能和分化

IF：9.188

2019-3-26

長鏈非編碼RNA（lncRNA）在細胞分化和發(fā)育等許多生物學過程中發(fā)揮著重要作用。然而，關于lncRNA調節(jié)骨髓來源的抑制性細胞（MDSCs）分化和發(fā)育的研究卻很少。南開大學醫(yī)學院的研究人員確定了一種lncRNA假基因Olfr29-ps1，它在MDSCs中表達并被促炎細胞因子IL6上調。脊椎動物中的Olfr29-ps1序列是保守的，Olfr29-ps1和人類OR1F2P序列之間的相似性為43％。該lncRNA在體內外促進單核細胞（Mo-）MDSCs的免疫抑制功能和分化。它直接吸附miR-214-3p以下調miR-214-3p，其可以靶向MyD88以調節(jié)MDSC的分化和發(fā)育。Olfr29-ps1的功能依賴于IL6介導的N6-甲基腺苷（m6A）修飾，不僅增強了Olfr29-ps1，而且促進了Olfr29-ps1與miR-214-3p的相互作用。因此，研究結果證明假基因Olfr29-ps1可通過m6A修飾的Olfr29-ps1/miR-214-3p/MyD88調控網(wǎng)絡調節(jié)MDSC的分化和功能，揭示了骨髓細胞調控的機制，并為抗腫瘤免疫治療提供了潛在的靶點。
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Fig6. Olfr29-ps1 promotes differentiation and suppressive function of MDSCs in vivo.
原文：Shang W, Gao Y, Tang Z, et al. The Pseudogene Olfr29-ps1 Promotes the Suppressive Function and Differentiation of Monocytic MDSCs[J].?Cancer Immunology Research, 2019: canimm. 0443.2018.

《Cancer Research》：lncRNA MALAT1通過增強mTOR介導的TCF7L2翻譯來調節(jié)癌癥葡萄糖代謝

IF：9.13

2019-3-26

葡萄糖代謝重編程促進有氧糖酵解（或Warburg效應）被稱為是癌癥的一個標志。長鏈非編碼RNA（lncRNA）在糖酵解和糖異生水平上調節(jié)癌癥代謝的作用大多是未知的。之前的研究表明，lncRNA轉移相關肺腺癌轉錄物1（MALAT1）在肝細胞癌（HCC）中起原癌基因的作用。以色列希伯來大學哈達薩醫(yī)學院的研究人員研究了MALAT1在調節(jié)癌癥葡萄糖代謝中的作用。發(fā)現(xiàn)MALAT1通過增強代謝轉錄因子TCF7L2的翻譯來上調糖酵解基因的表達和下調糖異生酶的表達。MALAT1增強的TCF7L2翻譯是通過上調SRSF1和激活mTORC1-4EBP1軸來介導的。mTOR和Raptor的藥理學或遺傳抑制，或者eIF4E結合蛋白（4EBP1）的低磷酸化突變形式的表達導致了TCF7L2表達的降低。MALAT1的表達調節(jié)了TCF7L2 mRNA與重多核糖體的關聯(lián)。在MALAT1過表達細胞和HCC細胞系中敲低TCF7L2影響了其代謝并消除其致瘤潛力，表明MALAT1對葡萄糖代謝的作用對其致癌活性至關重要?？傊?，研究結果表明，MALAT1通過重編程腫瘤葡萄糖代謝促進HCC發(fā)展和腫瘤進展。
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Fig7. Scheme summarizing the role of MALAT1 in regulating glucose metabolism in HCC.
原文：Malakar P, Stein I, Saragovi A, et al. Long Noncoding RNA MALAT1 regulates cancer glucose metabolism by enhancing mTOR-mediated translation of TCF7L2[J].?Cancer Research, 2019: canres. 1432.2018.
來源：銳博生物
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