本月下旬circRNA相關(guān)研究文獻(xiàn)數(shù)量井噴，共計(jì)24篇之多，且研究亮點(diǎn)不少，如中大附一的張弩教授團(tuán)隊(duì)首次發(fā)現(xiàn)人環(huán)形RNA可利用重疊密碼子翻譯功能蛋白；德國科學(xué)家發(fā)現(xiàn)血小板來源的circRNAs可選擇性分選進(jìn)入胞外囊泡，暗示circRNAs是很好的診斷maker；還有首次報(bào)道circRNA可調(diào)控胰島β細(xì)胞的活性影響胰島功能，circRNAs有望成為糖尿病治療靶點(diǎn)?？梢哉f1月是circRNA研究成果豐收的一個(gè)月，2018年circRNA研究開了個(gè)好彩，下面我們一起來瀏覽下相關(guān)研究文獻(xiàn)。

1、人circSHPRH可發(fā)揮類似病毒RNA利用重疊密碼子翻譯功能蛋白抑制膠質(zhì)瘤

論文題目：A novel protein encoded by the circular form of the SHPRH gene suppresses glioma tumorigenesis

雜志：oncogene影響因子7.52分

通訊作者單位：中山大學(xué)附屬醫(yī)院

該研究成果由中山大學(xué)附屬第一醫(yī)院張弩副教授主導(dǎo)完成，也是張教授繼JNCI雜志發(fā)布?circ-FBXW7環(huán)形RNA翻譯蛋白后又一力作。本研究首次證明人類轉(zhuǎn)錄本中存在重疊密碼子編碼蛋白產(chǎn)物，即SHPRH基因的circRNA circ-SHPRH編碼多肽，該多肽是在跨過接口位點(diǎn)后終止翻譯的產(chǎn)物，意義重大，同時(shí)也為circRNA研究打開了一扇新大門，龐大的人類基因組上是否還有其他基因存在類似高效經(jīng)濟(jì)的調(diào)控方式，值得進(jìn)一步深入研究。具體文章解讀我們在前兩期已經(jīng)詳細(xì)介紹過，詳見往期文章：What?人類內(nèi)源circRNA也能通過重疊密碼子編碼蛋白！。

圖注：circ-SHPRH分子結(jié)構(gòu)示意圖

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2、整合人轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析探索轉(zhuǎn)錄本反式拼接和可變反向拼接現(xiàn)象

論文題目：Integrative transc riptome sequencing reveals extensive alternative trans-splicing and cis-backsplicing in human cells

雜志：Nucleic Acids Research影響因子10.16分

通訊作者單位：臺灣中央研究院基因組研究中心

研究中經(jīng)常會碰到可變轉(zhuǎn)錄本的情況，即轉(zhuǎn)錄本序列順序不同于基因組序列，一個(gè)基因?qū)?yīng)多種轉(zhuǎn)錄本，甚至一個(gè)轉(zhuǎn)錄本來自不同基因區(qū)域序列，如果不留意該問題將會為后續(xù)研究帶來困難，也不利于認(rèn)識真正的分子事件，比如tsRNA也存在與circRNA一樣的junctio point，所以在檢測circRNA時(shí)要排除tsRNA的影響，才能得到真實(shí)可靠的結(jié)果。具體文章解讀見往期文章：Nucleic Acids Research:?反向拼接產(chǎn)物也可能是分子間拼接的產(chǎn)物！

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3、綜述：CircRNA在腫瘤免疫和免疫治療中的研究進(jìn)展

論文題目：The Potential Role of circRNA in Tumor Immunity Regulation and Immunotherapy

雜志：FRONT IMMUNOL影響因子6.43分

通訊作者單位：中南大學(xué)

腫瘤免疫治療是當(dāng)前研究熱門，以有許多研究表明lncRNA、miRNA在抗腫瘤免疫反應(yīng)中起到重要作用，但circRNA在抗腫瘤免疫反應(yīng)中的研究還不多，該綜述回顧了lncRNA、miRNA和circRNA等非編碼RNA分子在抗腫瘤免疫反應(yīng)中的研究進(jìn)展，并提示circRNA在抗腫瘤免疫治療中將起到重要作用，腫瘤免疫治療領(lǐng)域?qū)⑹莄ircRNA研究的下一個(gè)重要方向。

圖注：a：circRNA可通過吸附miRNA分子上調(diào)抗腫瘤免疫相關(guān)基因的表達(dá)，如PD-L1和STAT3等；B：circRNA可結(jié)合MDM2和P53蛋白，調(diào)控蛋白穩(wěn)定性和抗腫瘤；c：circRNA分子可通過外泌體轉(zhuǎn)運(yùn)進(jìn)入免疫細(xì)胞影響腫瘤發(fā)生；d：在外泌體中circRNA可穩(wěn)定miRNA分子，協(xié)助miRNA進(jìn)入免疫細(xì)胞調(diào)控腫瘤免疫應(yīng)答。

表注：目前研究抗腫瘤免疫反應(yīng)相關(guān)的ncRNA分子統(tǒng)計(jì)表。

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4、血小板來源的胞外囊泡可選擇性包裝進(jìn)circRNAs

論文題目：Selective release of circRNAs in platelet-derived extracellular vesicles

雜志：J Extracell Vesicles

通訊作者單位：德國吉森大學(xué)

研究者通過密度梯度離心法獲取血小板來源的外泌體和胞外囊泡，進(jìn)一步進(jìn)行RNA-seq測序發(fā)現(xiàn)，circRNAs都可包裝入外泌體和胞外囊泡中，并可選擇性釋放出來，表明存在特殊的分選機(jī)制，血小板在止血，傷口愈合和癌癥轉(zhuǎn)移等方面都起重要作用，提示circRNA在這些過程中可能起重要功能，是非常有潛力的診斷標(biāo)志物，極具研究價(jià)值。

圖注：circRNAs在人血小板中高豐度表達(dá)

圖注：circRNA被選擇性包裝進(jìn)入血小板起源的胞外囊泡中

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5、CircRNA在糖尿病β細(xì)胞活性調(diào)控中的功能研究

論文題目：Circular RNAs as novel regulators of?β-cell functions in normal and disease conditions

雜志：Molecular me tabolism影響因子6.79分

通訊作者單位：瑞士諾桑大學(xué)

該研究主要探索circRNA在胰島中的表達(dá)水平及對胰島素分泌、β細(xì)胞增殖和凋亡等功能調(diào)控作用。高通量測序?qū)嶒?yàn)發(fā)現(xiàn)db/db小鼠（Ⅱ型糖尿病模型）中circHIPK3和ciRS-7顯著下調(diào)，在正常動(dòng)物模型小鼠中敲低circHIPK3和ciRS-7后，胰島素分泌減少，β細(xì)胞增殖和生存能力下降，轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析發(fā)現(xiàn)，circHIPK3可結(jié)合miR-124-3p和miR-338-3p調(diào)控β細(xì)胞關(guān)鍵基因如Slc2a2, Akt1, and Mtpn。表明circRNA在胰島素分泌和β細(xì)胞活性中起重要作用。

圖注：circHIPK3和ciRS-7在db/db小鼠中表達(dá)下調(diào)

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6、綜述：非編碼RNA在阿茲海默疾病中的研究進(jìn)展

論文題目：Noncoding RNAs in Alzheimer’s disease

雜志：WIRES RNA?影響因子6.02分

通訊作者單位：美國馬里蘭大學(xué)

本文對lncRNA、miRNA和circRNA等非編碼RNA在阿茨海默疾病中的研究進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)匯總。

圖注：目前報(bào)道的lncRNA、miRNA和circRNA在阿茨海默疾病中的作用機(jī)制示意圖

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7、circzip-2環(huán)形RNA在帕金森線蟲模型中的功能研究

論文題目：Functional Characterization of Novel Circular RNA Molecule, circzip-2 and Its Synthesizing Gene zip-2 in C. elegans Model of Parkinson’s Disease

雜志：Molecular Neurobiology影響因子6.19分

通訊作者單位：印度CSIR藥物研究中心

該研究利用帕金森線蟲研究模型，發(fā)現(xiàn)zip-2基因來源的circRNA分子circzip-2在線蟲壽命延長中起重要作用，線蟲模型中敲低zip-2基因后α突觸核蛋白聚集顯著減少，線蟲壽命延長，進(jìn)一步RNA-seq轉(zhuǎn)錄組分析發(fā)現(xiàn)，zip-2可能通過Daf-16通路，circzip-2可通過吸附miR-60在帕金森疾病中發(fā)揮作用。

圖注：circzip-2在帕金森線蟲模型中下調(diào)

圖注：沉默zip-2基因線蟲模型中NGS和qPCR實(shí)驗(yàn)推斷zip-2作用通路

圖注：circzip-2結(jié)合miRNA信息表

8、circ-ZFR通過吸附miR-130a和miR-107抑制胃癌細(xì)胞增殖和促進(jìn)凋亡

論文題目：Circular RNA-ZFR Inhibited Cell Proliferation and Promoted Apoptosis in Gastric Cancer by Sponging miR-130a_miR-107 and Modulating PTEN

雜志：Cancer Research and Treatment?影響因子3.77分

通訊作者單位：昆明醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院

該研究在胃癌中發(fā)現(xiàn)circ-ZFR通過miR-130a/miR-107?PTEN信號軸抑制胃癌細(xì)胞增殖和促進(jìn)凋亡功能。

圖注：circ-ZFR在胃癌組織中表達(dá)下調(diào)

圖注：過表達(dá)circZFR可抑制胃癌細(xì)胞增殖和促進(jìn)凋亡

圖注：circZFR通過吸附miR-130a和miR-107抑制胃癌細(xì)胞增殖能力

9、Hsa_circ_0014717抑制結(jié)腸癌增殖能力的研究

論文題目：Hsa_circ_0014717 is downregulated in colorectal cancer and inhibits tumor growth by promoting p16 ex pression

雜志：Biomedicine & Pharmacotherapy影響因子2.76分

通訊作者單位：南通大學(xué)附屬第三醫(yī)院

該研究探討了Hsa_circ_0014717在結(jié)腸癌中表達(dá)下調(diào)并可促進(jìn)p16表達(dá)，抑制結(jié)腸癌細(xì)胞增殖。

圖注：Hsa_circ_0014717在CRC中表達(dá)下調(diào)，可作為CRC患者的潛在診斷標(biāo)志物

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10、hsa_circ_0001649在膽管癌細(xì)胞中下調(diào)并調(diào)控細(xì)胞增殖、遷移和侵襲

論文題目：Downregulated circular RNA hsa_circ_0001649 regulates proliferation, migration and invasion in cholangiocarcinoma cells

雜志：BBRC?影響因子2.47分

通訊作者單位：哈爾濱醫(yī)科大學(xué)附屬第二醫(yī)院

該研究發(fā)現(xiàn)hsa_circ_0001649在膽管癌組織和細(xì)胞中顯著下調(diào)，過表達(dá)hsa_circ_0001649可抑制CCA細(xì)胞增殖、侵襲和遷移能力下降，體內(nèi)動(dòng)物實(shí)驗(yàn)與細(xì)胞實(shí)驗(yàn)結(jié)果一致。

圖注：動(dòng)物實(shí)驗(yàn)表明過表達(dá)hsa_circ_0001649可抑制腫瘤增殖

下表是其他一些circRNA文獻(xiàn)概要

參考文獻(xiàn)：

1、The Potential Role of circRNA in Tumor Immunity Regulation and Immunotherapy

2、Silencing of hsa_circ_0007534 suppresses proliferation and induces apoptosis in colorectal cancer cells

3、Selective release of circRNAs in platelet-derived extracellular vesicles

4、Noncoding RNAs in Alzheimer’s disease

5、Hsa_circ_0014717 is downregulated in colorectal cancer and inhibits tumor growth by promoting p16 ex pression

6、Global accumulation of circRNAs during aging in Caenorhabditis elegans

7、Functional Classification and Experimental Dissection of Long Noncoding RNAs

8、Functional Characterization of Novel Circular RNA Molecule, circzip-2 and Its Synthesizing Gene zip-2 in C. elegans Model of Parkinson’s Disease

9、Evaluating the bias of circRNA predictions from total RNA-Seq data

10、Downregulated circular RNA hsa_circ_0001649 regulates proliferation, migration and invasion in cholangiocarcinoma cells

11、Circular RNA-ZFR Inhibited Cell Proliferation and Promoted Apoptosis in Gastric Cancer by Sponging miR-130a_miR-107 and Modulating PTEN

12、Circular RNAs_ biogenesis, ex pression and their potential roles in reproduction

13、Circular RNAs as novel regulators of?β-cell functions in normal and disease conditions

14、Circular RNA_ non-coding RNA with emerging roles in stem cell differentiation

15、Circular RNA_ An emerging non-coding RNA as a regulator and biomarker in cancer

16、Circular RNA VMA21 protects against intervertebral disc degeneration through targeting miR-200c and X linked inhibitor-of-apoptosis protein

17、Circular RNA hsa_circ_0000567 can be used as a promising diagnostic biomarker for human colorectal cancer

18、Circular RNA ex pression Profiles Alter Significantly After Traumatic Brain Injury in Rats

19、Circular RNA ex pression in ovarian endometriosis

20、Circular RNA ex pression in extracellular vesicles isolated from serum of patients with endometrial cancer

21、Biclustering of transc riptome sequencing data reveals human tissue-specific circular RNAs

22、Analyzing the interactions of mRNAs, miRNAs, lncRNAs and circRNAs to predict competing endogenous RNA networks in glioblastoma

23、A novel circular RNA, hsa_circ_0046701, promotes carcinogenesis by increasing the ex pression of miR-142-3p target ITGB8 in glioma

文 | circRNA 吉賽生物

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