2.?計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)經(jīng)典論文講解

3.?生物分子相互作用研究方法概述

4.?計(jì)算生物學(xué)概述

5.?分子動力學(xué)簡介

5.1?分子力場的介紹

5.2?分子力場的原理

5.3?分子力場的分類及應(yīng)用

6.?挑選最新Cell、Nature、Science、PNAS等雜志論文，進(jìn)行論文思路闡述

2.?量子力學(xué)與化學(xué)鍵的本質(zhì)

3.?化學(xué)鍵的模擬方法及常用軟件

1.1 PDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的介紹

1.2 PDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)可獲取的資源

1.3 蛋白的結(jié)構(gòu)類型、數(shù)據(jù)解讀及下載

2. PDB文件：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件詳解

2.1?蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件可視化

2.2?蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)文件原子坐標(biāo)解讀

3.?Pubchem：化學(xué)小分子結(jié)構(gòu)獲取

3.1 Pubchem數(shù)據(jù)庫簡介

3.2 Pubchem數(shù)據(jù)庫小分子結(jié)構(gòu)查詢

3.3 Pubchem數(shù)據(jù)庫批量下載方法介紹

4. ZINC：虛擬篩選小分子數(shù)據(jù)庫介紹與應(yīng)用

4.1 ZINC數(shù)據(jù)庫介紹

4.2 ZINC數(shù)據(jù)庫小分子批量下載方法介紹

5. NDB：核酸結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫介紹

6.?核酸二級結(jié)構(gòu)和三級結(jié)構(gòu)預(yù)測

7.?候選化合物ADMET性質(zhì)預(yù)測

實(shí)踐

1.1 Linux服務(wù)器連接

1.2 數(shù)據(jù)傳輸

1.3 Linux常用命令

2.?基于高性能計(jì)算集群的藥物虛擬篩選

3.?高性能計(jì)算虛擬篩選操作演示

4.?虛擬篩選結(jié)果分析

操作

1.1 小分子配體結(jié)構(gòu)處理

1.2 蛋白受體結(jié)構(gòu)優(yōu)化和處理

1.3 蛋白受體格點(diǎn)計(jì)算

2.?Autodock vina軟件原理及功能介紹

3.?分子對接和對接結(jié)果分析

3.1 半柔性對接計(jì)算

3.2 柔性對接計(jì)算

3.3 對接結(jié)果分析

3.4 最優(yōu)對接構(gòu)象的選擇

4.?實(shí)例講解與練習(xí)：鼠源RhoA—GTPγS與Forsythialan A分子對接

操作

2.?z-dock軟件介紹與使用

3.?其他生物大分子對接在線工具的介紹與使用

4.?蛋白-蛋白對接結(jié)果分析與解讀

5.?實(shí)例講解與練習(xí)：Apod與CD36蛋白-蛋白對接

操作

2.?PyMOL軟件高質(zhì)量論文繪圖實(shí)操

2.1 蛋白-多肽相互作用分析圖解

2.2 蛋白-小分子相互作用分析圖解

2.3 蛋白-蛋白相互作用分析圖解

3.?PyMOL動畫制作

操作

2.?Swiss-model：在線同源建模

2.1 同源蛋白的搜索

2.2 蛋白序列比對

2.3 蛋白模板選擇

2.4 蛋白模型構(gòu)建

2.5 蛋白模型評價(jià)

2.6 蛋白模型優(yōu)化

3.?Modeller：同源建模軟件操作演練

4.?I-TASSER：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測

5.?Rosetta：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測

6.?AlphaFold Protein Structure Database介紹

操作

2.?氨基酸突變對蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的影響分析

操作

2.?Amber：結(jié)合實(shí)例講解分子動力學(xué)模擬軟件操作演練

3.?Gromacs：結(jié)合實(shí)例講解分子動力學(xué)模擬軟件操作演練

4.?分子動力學(xué)計(jì)算與結(jié)果分析

4.1 結(jié)合自由能的計(jì)算分析

4.2 軌跡文件常見分析：RMSD、RMSF、回旋半徑等

4.3 二級結(jié)構(gòu)計(jì)算

操作

2.?VMD查看分子動力學(xué)模擬結(jié)果

3.?VMD作圖實(shí)例講解與練習(xí)

操作